随着中国经济的持续快速发展,特别是经过30年改革开放,我国区域经济发展状况发生了巨大变化,目前已初步形成东部率先发展、西部大开发、中部崛起和东北老工业基地振兴的四大区域经济合作发展新格局,各区域之间的合作进程明显加快。经济发展的区域性决定了,对区域经济的治理应当以区域为单位。在计划经济下,经济的发展具有封闭性,而在由计划经济向市场经济逐步转化背景下,经济的发展逐渐突破了行政区划界限,形成了行政区经济与经济区经济的冲突,并出现了跨越行政区划的经济区域,比如珠三角经济区、长三角经济区、环渤海经济区。随着市场经济的进一步发展,不断的涌现出新的跨越行政区划的经济区,比如中原经济区、北部湾经济区等。但是在我国经济区域化、市场化快速发展的同时,由于政治体制改革的相对滞后,跨行政区划治理体制尚未同步建立,跨越行政区划界限的区际矛盾与冲突出现不断升级的势头。近年来,如何建立健全跨越行政区划边界的跨界区域治理体制、机制,日益成为政界、学界广泛关注的热点问题。本文在此基础上以区域经济管理机构的设置为视角,探讨区域经济治理问题。本文主体部分共分为引言、正文、小结三个部分。引言主要介绍了我国在首次在“十一五”规划中提出的主体功能区规划,本文也是在国家主体功能区战略背景下开展对区域经济治理的探讨。正文部分分为四章：第一章我国经济区域及治理模式,对我国东、中、西部的经济区域进行系统概况,在实证分析的基础之上对现行区域经济的治理模式,区域经济管理机构的设置状况进行总结,并提出相关问题。第二章国外经济区域及治理模式,对美国、德国、欧盟等典型的区域经济治理模式进行了介绍,对比我国区域经济管理机构设置状况,提出我国区域经济治理存在的问题。第三章区域经济相关概念及区域经济治理理论,在对区域经济相关概念进行界定之后,借鉴国际上区域经济治理理论,为区域经济管理机构的设置提供理论支持。第四章区域经济治理中区域经济管理机构的设置及建议,在前三章的基础之上,针对我国区域经济治理状况,对我国区域经济管理机构的设置提出问题并完善建议。小结部分主要对全文研究主题的总结概况。