环境容量资源作为一种稀缺的自然资源,在当今社会日益体现出其生态价值和经济值。但由于环境产权的不清晰和环境容量资源的公共物品属性,环境容量资源的配置无法通过传统的市场经济手段达到最优,环境质量下降和环境污染严重。传统的命令—控制的行政管理手段在处理复杂的环境问题上凸显无力,而排污权交易作为一种污染控制策略,它是在污染物总量控制前提下以市场为调控手段对稀缺环境容量资进行优化配置的环境管理方法。它是解决环境问题的一种新思维,被各国广泛采用。我国的排污权交易实践比较晚,尤其是水污染物排污权交易进行的试点范围还很小,所以对此进行理论和应用探讨很有现实意义。论文分为三个部分。第一部分是水污染物排污权交易的基础理论和实践。第一、二章介绍和分析了我国水资源环境现状和水污染物排污权交易的的理论基础,从私法的角度讨论的环境容量使用权的物权属性,依此为基础界定排污权的定义和水污染物排污权的概念,并重点探讨了了水污染物排污权交易区别于一般排污权交易的特征。第三章介绍了各国的排污权交易的实践。通过对美国排污权交易的两个阶段阐述,分析了美国排污权交易的制度和实践的衍变；随后是我国排污权交易实践历史,并以环太湖流域为例介绍了我国现阶段水污染物排污权交易的发展概况。第二部分是水污染物排污权的初始分配和交易。第四章通过对总量控制理论和初始分配理论的分析,考察了我国的排污权分配模式,并对未来排污权分配模式作出了预设。第五章对水污染物排污权二级市场的建立进行架构研究了交易市场建立的五个前提、六个原则和交易市场的构成,包括交易主体、交易客体、交易的中介机构和排污权交易银行；其后从民事合同的角度研究了水污染物排污权交易合同,希望在目前相关法律缺位的情形下,借鉴民事合同理论来规范排污权交易。第三部分是水污染物排污权交易的监管制度,比较了法律监管、行政监管、行业监管和社会监管各自的优势与不足,为我国排污权交易监管制度提供参考。