方法论问题是现代中国学术的核心问题。学术方法的分歧是划分不同学术流派的重要标准。作为徘徊于学术与政治之间的一位“特殊人物”,徐复观一生致力于对中国传统文化的现代疏释。在研究中国思想史的过程中,他反复强调治学方法的重要性。徐复观的思想史研究方法具有浓厚的传统人文情怀,他摒弃西方线性进化史观,从传统文化固有的思想脉络出发,立足于“心的文化”史观,重新审视传统思想资源的现代意义与价值,在中西古今的纠葛缠绕中,在现实忧患人生的体悟中,走出了一条反求诸己的独特的思想史研究路向。身处中西文化激烈冲突的时代,作为现代新儒家重要代表,徐复观主张一个中国思想史研究者首先应对传统抱有起码的温情和敬意。对传统的解读和诠释,虽然不能不参照西方,但从根本上说,必须坚持以中释中的立场。现代中国学者在面对古人时,应当在以古释古和居今释古间找到一种恰当的平衡。在确立了上述基本立场和态度的基础上,徐复观提出了一系列价值独到的思想史研究方法,主要包括以心契心、追体验、义理考据辞章三结合、知人论世四个方面。徐复观的思想史研究方法是富于浓厚人文气息的人本体验模式,此一模式强调从价值立场、态度、方法三个维度进入思想史研究,价值立场决定态度,态度决定方法,方法体现并完成价值追求,三者相辅相承,构成徐复观完整的思想史研究方法体系,在中国现代学术史上可谓独树一帜。徐复观对新派学人以西方文化解剖中国思想文化的弊端谬误曾有极为深刻的批评,对中国传统思想在现代语境中转型的路径亦有诸多思考,这些批评与反思的意见,在强调学术本土化的今天来看,仍然发人深省。