基于CSSL群体的野生稻粒型与粒重相关QTL精细定位

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籽粒性状是水稻(Oryza sativa L.)重要的农艺性状。粒型和粒重性状相关QTL的遗传定位和效应分析,对水稻品种改良具有十分重要的意义。普通野生稻长时间在野生状态下生存,在各种病虫害以及复杂环境的选择下,其基因组内含有许多栽培稻在驯化过程中丢失或者削弱了的特异基因,成为水稻育种的天然基因库。但普通野生稻遗传背景极其复杂,很难直接在基因定位和作物育种上利用。染色体片段置换系(CSSL)将普通野生稻片段置换到背景单一的栽培稻中,解决了这一难题,便于普通野生稻中优异基因的分离与鉴定。本研究利用以栽培稻9311作为受体、普通野生稻为供体构建的染色体片段置换系,从野生稻导入片段中定位粒型与粒重相关的QTL,结合测序结果和片段内基因注释以及细胞学观察来确定候选基因。主要结果如下:  1.从染色体片段置换系群体中挑选出粒型和粒重与受体亲本9311有明显差异的两个置换系(CSSL152和CSSL182)作亲本,与9311构建次级分离群体。CSSL152与9311相比粒长减少0.17mm,粒宽减少0.20mm,千粒重减少4.07g;CSSL182与9311相比粒长减少0.11mm,粒宽减少0.18mm,千粒重减少4.15g。置换系CSSL152含有8个导入片段,分别分布在2号染色体(1个)、5号染色体(3个)、8号染色体(1个)、11号染色体(2个)、12号染色体(1个)。置换系CSSL182只在8号染色体上含有一个较大的导入片段。  2.利用初定位群体发现,在置换系材料CSSL152为起始亲本的群体中定位到6个粒型和粒重相关的QTL,3个粒长相关的QTL,分别分布在5号染色体的标记Indel5-8和RM164之间、5号染色体的标记Indel5-10和RM274之间以及12号染色体的标记Indel12-5和Indel12-6之间;2个粒宽相关的QTL,分布在8号染色体的标记RM149和Indel8-12之间以及12号染色体的标记Indel12-6和RM7102之间;1个粒重相关的QTL,分布在5号染色体的标记RM164和RM18749之间。在置换系材料CSSL182为起始亲本的群体中定位到1个粒宽相关的QTL,在8号染色体的标记RM447和RM264之间,LOD值为10.1443,贡献率高达为22.4897,将该QTL命名为qGW8,由于该置换系只含有一个导入片段,所以选定CSSL182为起始亲本的群体为下一步研究的材料。  3.构建F2精细定位群体,在三亚和南京种植2000株F2群体和1000株F2:3群体。利用F2/F2:3群体进行遗传分析,基因型与表型关联分析,将qGW8所在区间缩小到10kb区间内。基因预测发现该区间内具有3个候选基因,分别为LOC_Os08g42360、LOC_Os08g42370、LOC_Os08g42380。通过对双亲间的测序发现,这三个基因都含有丰富的变异。  4.在同一环境、同一时期下取亲本9311和CSSL182材料的籽粒进行电镜扫描,观察颖壳的外表皮细胞。扫描观察结果发现,CSSL182材料颖壳细胞的平均细胞宽度为72.88μm,而9311材料的颖壳细胞平均细胞宽度为85.02μm,9311的细胞宽度比CSSL182长16.7%。表明qGW8通过影响颖壳细胞宽度控制水稻籽粒粒宽。
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