随着人类基因组计划的实施和推进,生命科学研究已进入了后基因组时代。在这个时代,生命科学的主要研究对象是功能基因组学,包括结构基因组研究和蛋白质组研究等。蛋白质本身的存在形式和活动规律,如翻译后修饰,蛋白质间相互作用以及蛋白质构象等问题,仍依赖于直接对蛋白质的研究来解决。虽然蛋白质的可变性和多样性等特殊性质导致了蛋白质研究技术远远比核酸技术要复杂和困难得多,但正是这些特性参与和影响着整个生命过程。蛋白质组学研究中重要的一方面是蛋白质互作的研究。因为生命现象的发生往往是多因素影响的,必然涉及到多个蛋白质。生物体系的运作与蛋白质之间的互作密不可分,因此研究蛋白质复合体具有重要的意义。蛋白质互作的研究大致可分为基于实验的方法和基于计算的方法。其中基于计算的方法主要是基于蛋白质网络所包含的生物学意义,利用数学分析的方法得出某些结论。本论文主要研究基于计算的蛋白质互作研究方法,具体的说是研究蛋白质复合体稳定性的评估方法。首先介绍了目前使用计算的方法研究蛋白质互作的一些方法,然后详细研究分析了评估蛋白质互作稳定性的IG2方法。本论文扩展了评估蛋白质互作稳定性的IG2方法,进而提出了三种评估蛋白质复合体稳定性的方法,并对这些方法进行了详细的分析论证。其中第二种方法是第一种方法的改进,第三种方法是基于分类的方法。最后给出了系统实现和实验结果分析。本论文的主要意义在于给研究蛋白质复合体的研究人员提供一种评估蛋白质复合体稳定性的方法。