目前,新疆军府制的研究成果颇丰,是新疆史研究的重要组成部分。鉴于现有文献资料的状况,大部分是对伊犁将军的研究,对回疆的职官探究较为薄弱。而总理回疆事务参赞大臣在回疆的发展过程中有举足轻重的作用。乾隆二十四年,清朝平定大小和卓叛乱,统一了天山以南的广大地区。军府制推行到该地,天山南路的总理回疆事务参赞大臣是军府制体制中的重要组成部分。文章主要对总理回疆事务参赞大臣的设置时间、主要职能及其具体演变进行探讨。认为总理回疆事务参赞大臣职官的始置时间为乾隆三十年,非传统观点乾隆二十四年。主要职能有稽查藩属、办理民政事务;组织年班、办理朝觐;考察官吏。其职能在不同时期也有变化与侧重,从乾隆年间的总理事务到道、咸年间的谈判划界。总理回疆事务参赞大臣的治所先后称喀什噶尔参赞大臣、乌什参赞大臣和叶尔羌参赞大臣。而治所变迁的主要原因与回疆和卓后裔的变乱有极其重要的关系。通过对总理回疆事务参赞大臣的总体研究,对其在回疆政治、军事和社会经济中所处地位的剖析,总结治理回疆的经验得失,维护边疆的稳定一定要处理好人民内部的矛盾,发现隐患应及时妥善解决。