随着我国农产品买方市场的形成以及农业产业化进程的逐步推进,传统的“小农生产”与市场化的矛盾也逐步加剧,在此背景下,农民专业合作社被看作是促进农业增效、农民增收,加快农业产业化的进程的有效手段之一。盈余分配机制是合作社治理的核心问题,盈余分配公平与否直接影响着农户的合作积极性和创造性。如何构建合理的盈余分配模型,对合作社加以引导和改善,以满足不同主体的利益诉求,对合作社的发展具有重要意义。本文以按惠顾额返还盈余和资本报酬有限两条经典原则为线索,运用规范分析、问卷调查、统计分析以及实证研究方法,详细分析了合作社盈余分配的影响因素,并以此为依据构建了合作社不同发展阶段的盈余分配模型,提出了完善农民专业合作社利益分配机制的对策建议。文章主要包括以下内容：首先,笔者根据相关文献的研习,发现了合作社盈余分配问题研究的空缺,分析了现存农民专业合作社的盈余分配模式以及盈余分配环节存在的问题。其次,以山西省新绛县56家合作社为样本,实证角度分析了合作社盈余分配机制的影响因素。通过研究得出：合作社自身发展要素中,成立时间较长、由农户自发兴办和以产品购销服务为主的合作社对惠顾额返还盈余有正向影响；在合作社产权安排中,股份分布较平均,村集体组织、农业企业等团体成员投资较小的合作社按惠顾额返还的比例较大；合作社治理结构中,合作社财务信息公开的次数越多,盈余分配方案的民主决定程度越规范,盈余按惠顾额返还的比例越高。接着,以前述理论和实证分析为基础,依据合作社的生命周期,笔者分别构建了合作社萌芽、发展以及成熟阶段的盈余分配模型。考虑到萌芽阶段对资本的稀缺性,鼓励放宽资本报酬,与生产者建立以优惠价格交易的隐形利益分配机制；成长阶段考虑按各要素贡献参与分配原则,引进合作博弈论中Shapley值分配模型；而在合作社成熟阶段,为落实合作社法关于交易额返利的规定,构建了交易额返利模型,并确定了返利率的上下界,为合作社章程中制定盈余分配方案提供了理论借鉴。最后,依据前述章节的分析结果,从合作社内部产权设置、监管机制以及财务管理三个方面进行分析,提出了农民专业合作社健康发展的政策建议。本文的创新点主要体现以下两个方面：第一,在对样本数据进行处理中,采用计量经济学方法科学筛选出合作社盈余分配的影响因素,并得到了跟理论预期一致的结果；第二,笔者构建了合作社不同发展阶段盈余分配模型,这在关于盈余分配机制的研究中,属于一次大胆尝试。