目的:牛肉及牛奶产品在新疆经济中占重要地位,随着该产业规模的不断增大,牛蹄病的出现严重影响了其发展,给该产业造成了巨大的经济损失。本研究为明确新疆部分地区牛蹄病的流行情况、奶牛蹄部腐肉中微生物群落的多样性和部分细菌的生物学特性,为牛蹄病的防控提供参考。方法:（1）对乌鲁木齐及周边地区的2个奶牛场和1个肉牛场进行奶牛跛行率、蹄病发病率、蹄病种类、蹄病发病蹄别、蹄病发病指（趾）别进行调查记录分析;（2）分别从2个奶牛场随机挑选5个奶牛蹄部腐肉样本和5个健康奶牛蹄部样本,对样本进行高通量测序,并对奶牛发生蹄病后患处菌落组成及丰度变化原因进行分析;（3）对2个奶牛场和1个肉牛场中随机采集的蹄病腐肉样本进行细菌分离鉴定,并用K-B纸片扩散法对分离出的致病菌做药敏试验,用小鼠做攻毒试验,并用PCR检测其毒力基因。结果:（1）调查的3个牛场中有99.77%（428/429）的牛跛行是因蹄病所致,牛蹄病总体发病率为20.91%（428/2047）,其中A牛场为23.08%、B牛场为34.07%、C牛场为8.96%;蹄病种类及发病率为蹄皮炎80.37%（344/428）、蹄底溃疡14.25%（61/428）、蹄叶炎0.47%（2/428）;变形蹄的发病率为4.91%（21/428）,变形蹄种类分为延蹄38.10%（8/21）、拖鞋蹄23.81%（5/21）、倾蹄19.05%（4/21）、螺旋蹄9.52%（2/21）、广蹄9.52%（2/21）;4个蹄发病情况分别为左前蹄9.13%（43/417）、右前蹄9.98%（47/417）、左后蹄39.92%（188/417）、右后蹄40.98%（193/471）;蹄部发病位置主要在右后蹄系部26.33%（124/471）、左后蹄系部22.51%（106/471）、左后蹄趾间11.25%（53/471）、右后蹄趾间8.92%（42/471）、左前蹄系部5.94%（28/471）;本试验中A牛场、B牛场和C牛场患蹄病的牛只经3次治疗后治愈率分别为100%、100%、97.73%;（2）从10个奶牛蹄部腐肉样本中共获得26个门、39个纲、66个目、114个科和178个属,优势菌群分别为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、螺旋体（Spirochaetes）。从10个健康奶牛蹄部样本中共获得19个门、30个纲、55个目、91个科、153个属。在健康奶牛蹄部样本中优势菌群分别为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）;（3）从90份牛只蹄部腐肉样本中共分离出6种菌,分别为大肠杆菌33株（36.67%）、粪肠球菌28株（31.11%）、奇异变形杆菌24株（26.67%）、福氏志贺氏菌10株（11.11%）、金黄色葡萄球菌6株（6.67%）、表皮葡萄球菌10株（11.11%）;（4）对28株粪肠球菌进行药敏试验,结果表明这些粪肠球菌对氨曲南、头孢噻肟、头孢他啶、头孢吡肟、阿米卡星、哌拉西啉、链霉素耐药率均达到70～100%,左氟沙星、环丙沙星、氨苄西林耐药率在30%～50%;分离株中检出agg、cob、ccf、hly、ace、esp、efa Afs、cpd、cly M、gel E 10种毒力基因;小鼠攻毒试验结果显示,各组小鼠均有死亡。（5）对33株大肠杆菌进行药敏试验,结果表明这些大肠杆菌对链霉素和氨苄西林耐药率在20.00～30.00%,对氨曲南、头孢噻肟、头孢他啶、头孢吡肟、阿米卡星、哌拉西啉、左氟沙星、环丙沙星耐药率均在10%以下;在分离株中检出iuc D、ler、irp2、hly A、eae A、fyu A 6种毒力基因;小鼠攻毒试验结果显示,各组小鼠均有死亡。结论:蹄病是这些牛场牛只跛行的主要原因,蹄病类型主要为蹄皮炎、蹄底溃疡、变形蹄与蹄叶炎,其中蹄皮炎最严重。4个蹄的8个指（趾）、指（趾）间及系部均有发病,但后蹄系部蹄皮炎发病率最高。不同治疗方法均有很好的疗效,提示牛场在加强蹄病预防的同时,还要特别重视对跛行牛及时诊断和治疗;奶牛患蹄腐肉样本菌群多样性分析显示在不同分类水平上细菌种类均增多,相同牛场患蹄病腐肉样本和健康牛蹄样本组间差异显著（P＜0.05）;大肠杆菌、粪肠球菌和奇异变形杆菌分离率较高;大肠杆菌耐药性较强,部分菌株携带多个毒力基因;粪肠球菌耐药性强,许多菌株携带多个毒力基因,且具有较强致病性。