本文以猕猴川西亚种的5个群体为研究对象，采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)银染法和PCR技术相结合的方法，对111个猕猴个体的基因型进行了检测。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、有效等位基因数和Nei氏遗传距离，采用UPGMA法和N-J等方法，分析了5个群体的遗传多样性和群体遗传结构。 1)本实验共采用25对引物，通过PCR扩增检测，筛选出了扩增效果比较好的8对引物用于本研究。8个位点共检测到109个等位基因，平均每个位点检测到的等位基因数为13.62个，平均有效等位基因数为6.52个，表明本实验所选用的微卫星位点具有较好的多态性。 2)通过Hardy-Weinberg平衡检测发现：在5个群体中，巴中群体除位点MML10S6F，九龙群体除位点D17S1300外，两群体的其他位点均处于不平衡状态，而其余三个群体处于平衡和不平衡状态的位点数目相当。整个猕猴川西亚种视为一个大群，有3个位点处于平衡状态，另外5个位点处于不平衡状态。分析其原因，可能是由于种群间亚结构、近亲交配和无效等位基因等造成的。 3)8个位点平均多态信息含量达0.89(PIC＞0.5)，表明均为高度多态性位点，5个群体平均观测杂合度为0.64，遗传多样性较为丰富。 4)通过POPGENE32软件计算获得遗传同一性。其中，汉源与九龙间的遗传同一性最高(GI=0.8819)，黑水与巴中间的遗传同一性最低(GI=0.6625)，这与5个群体的地理位置分布完全相符。 5)根据Nei氏(1983)遗传距离分别做UPGMA和N-J聚类分析：在UPGMA聚类图中，小金和黑水聚为一类，汉源和九龙聚为一类，上述两者再聚为一类，最后巴中与前面所有聚为一类；在N-J图中汉源与九龙首先聚为一类，小金和黑水单独聚在一起，最后巴中与上述两类共同聚为一类。两种聚类图的聚类结果与5个种群地理形态分布基本一致，汉源和九龙地处川西、巴中地处川东、而小金和黑水位于川西北，说明该8对微卫星标记检测群体间的遗传距离较为准确。