亲/疏水性环肽纳米管在水/己烷界面行为的分子动力学模拟

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本文选取九种不同手性的氨基酸―丙氨酸(L-Ala,A)、亮氨酸(D-Leu,L)、缬氨酸(L-Val,V)、异亮氨酸(L-Ile,I)、色氨酸(L-Trp,W)、谷氨酰胺(L-Gln,Q)、苏氨酸(D-Thr,T)、丝氨酸(D-Ser,S)和半胱氨酸(D-Cys,C),构建了七个具有不同亲/疏水性外表面特性的环肽纳米管(Cyclic peptide nanotubes,CPNTs)。采用分子动力学(Molecular dynamics simulation,MD)模拟研究了它们的结构和性质,及其在水/己烷界面处的结构特征、动力学性质和形变机制。模拟结果表明,氨基酸侧链结构影响环肽纳米管的管长;肽管的内径则只与骨架上的氨基酸残基数目相关;亲水性CPNTs中的氢键结构较疏水性CPNTs中的牢固稳定。除QT-CPNT和VL-CPNT之外的其余五个环肽纳米管―AL、IL、WL、QS和QC-CPNTs在水/己烷界面处均出现不同程度的倾斜、断裂和脱落;单个环肽(Cyclic peptide,CP)子结构与水相、己烷相及邻近CP间的相互作用揭示了中间环肽(mid-CPs)的相对稳定性和末端环肽(end?CPs)的易解离特性;疏水性的CPNTs更倾向于待在界面,而亲水性的CPNTs则容易进入水相,进而与水分子形成较多的氢键。本文研究结果丰富了环肽纳米管这一类人工生物纳米通道在水/油界面的结构及其微观动力学行为的研究,有助于在原子微观层次上为环肽在界面的自组装提供信息。
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