随着市场经济的进一步发展，原本相对独立的行政区域之间的联系日趋紧密，不同行政区域政府间的合作更加频繁，区域政府间合作协议应运而生，并迅速发展壮大。合作协议是指两个或两个以上不具有隶属关系的地方政府之间，为实现特定的行政目的，在平等协商、意思表示一致的基础上达成协议的行为。合作协议在处理跨区域公共事务，实现资源共享，优势互补，解决矛盾纠纷，推动区域共同发展等方面发挥着重要作用。区域平等是合作协议的法治基础，根据合作协议内容的不同，不同种类的合作协议法律属性也有所区别。根据目前实践中合作协议的发展状况来看，区域政府间合作协议还存在诸多不足，协议文本欠缺法律上的规范性。为推动合作协议的规范化、法治化发展，需要从缔约机制、履行机制和违约及责任承担机制三方面完善合作协议制度。在合作协议纠纷不可避免的情况下，应当构建多元化的合作协议纠纷解决机制，除了通过缔约政府间的和解、地区事务管理委员会的协调以及上级行政机关的裁决三种解决方式以外，也可以考虑通过司法途径来解决合作协议纠纷。