我国知识产权保护同时采用司法保护与行政保护的“双轨制”保护模式,此保护模式在一定时期内对我国的知识产权保护发挥了重要作用,但随着经济的发展及我国参与国际事物的增多,无论是我国经济发展的内因还是需要与国际知识产权保护接轨的外因,我们都需要对“双轨制”的保护模式做出改革,而且“双轨制”的保护模式在运行过程中也出现了诸多的不足之处。从整体来说应该坚持以司法保护为主,行政保护为辅的原则,在制度设计层面司法机关与行政机关分权制衡,互相监督,互相制约,充分尊重和保障相关权利人的权利。本文分三部分,第一部分着重介绍什么是司法保护与行政保护及我国现行的“双轨制”保护模式并分析其利弊;第二部分从制度设计层面考虑如何能达到司法机关与行政机关互相监督、互相制约、互相配合的目的;第三部分介绍知识产权司法保护与行政保护协调的终极机构—知识产权法院的建立及在知识产权法院体系下知识产权司法保护与行政保护的协调机制。