随着人们生活水平不断提高,猪肉的市场需求量也在逐渐增加,养猪业面临着新的挑战。繁殖性状作为猪生产中重要的经济性状之一,提高母猪的繁殖性能可增加养殖场的经济收益。宁乡猪作为湖南省特有的地方猪种,以其不饱和脂肪酸含量丰富,肉质鲜美而深受广大消费者的喜爱。宁乡猪的育种工作还处于发展阶段,提高宁乡猪产仔数等繁殖性状,对整个猪场的经济效益起到重要作用。本研究利用GGP Porcine50K芯片对宁乡猪的总产仔数、产活仔数、弱仔数、死胎数、木乃伊数、畸形数、妊娠周期、成活率和断乳死亡率9个繁殖性状进行全基因组关联分析,筛选与各繁殖性状显著相关的SNP位点并进行基因注释,以期鉴定出与繁殖性状相关的候选基因,为后期的选种选育,培育更高繁殖力的猪种奠定基础。本研究随机选取具有繁殖性状记录的803头宁乡猪,采集耳样提取DNA,其中,随机选取483头宁乡猪,利用GGP Porcine 50K芯片对宁乡猪的总产仔数、产活仔数和弱仔数等9个繁殖性状进行全基因组关联分析（Genome-wide association study,GWAS）。为避免假阳性结果,进行群体分层检验,采用Bonferroni法对关联结果P值进行校正,筛选显著位点并进行基因注释。其次,剩余320头宁乡猪用于实验部分,通过对目的基因部分序列进行扩增与比对,初步进行候选基因对繁殖性状的关联分析。结果如下:1、对宁乡猪各繁殖性状表型记录进行描述性统计分析,结果表明:总产仔数、产活仔数、弱仔数、死胎数、木乃伊数、畸形数、妊娠周期、成活率和断乳死亡率的平均值分别为9.74头、8.31头、1.49头、0.64头、0.69头、0.96头、116.21天、86.40%和19.34%。相关性分析表明:总产仔数与产活仔数、弱仔数呈显著水平的正相关关系,妊娠周期与总产仔数、产活仔数呈负相关关系。2、质控后有440个体和31762个SNP位点保留下来,经GWAS分析发现32个显著的SNP位点与总产仔数、死胎数、妊娠周期、成活率和断乳死亡率共5个繁殖性状显著相关,其中有9个SNP位点达到全基因组显著水平。对32个SNP位点进行连锁不平衡分析发现SNP位点WU＿10.2＿8＿146777294、WU＿10.2＿3＿3005120、ALGA0050117之间和ALGA0042964、H3GA0022080之间存在很强的连锁不平衡关系。3、经基因注释挖掘到显著SNP位点附近的GFRA1、BICC1、ENO4、PRDX3、NPM2、PIWIL2、FGF5、STOX1、REC8、PLAC8、HPSE、AMOT、ERG、TACC、CLP1共15个可能与繁殖性状有关的候选基因。4、对GFRA1、BICC1、ENO4基因序列比对发现,GFRA1基因第6外显子的55bp处存在c.T>C多态性位点,且与总产仔数和产活仔数显著相关。综上所述,本研究利用GWAS分析筛选到与宁乡猪繁殖性状显著相关的SNP位点及其候选基因,为后续宁乡猪繁殖性状候选基因功能验证奠定基础。