人脑是个复杂而又神秘的系统，它由数百亿个神经元构成。研究大脑的有效方法之一就是通过脑网络。脑网络由相互连接，共同协作的脑区构成。研究发现精神病患者和普通人之间脑网络有显著不同。这表明脑网络研究具有十分总要的价值。然而，当前计算脑网络的软件具有一些弊端，例如用户图形接口不友好，三维可视化效果差，计算耗时等问题。本文的主要工作在于研发了三种软件用于解决上述问题。基于MATLAB开发的脑网络计算软件具有一个简约设计的GUI，它使得普通用户也可以方便地计算脑网络的各种属性。该软件是以Matlab工具箱存在，它提供大量的计算脑网络属性的函数库，可以很方便的计算脑网络的各种不同的属性值，并且该软件会根据当前的脑网络模式自动选择最佳的计算方法，用来减少计算时间。基于VTK技术的软件可以方便地对脑网络的结构进行三维可视化，利用VTK技术进行三维渲染可以加快渲染速度。它可以显示脑网络的三维拓扑图，将脑网络直观的显现出来，方便观察。它也提供了修改脑网络特性的功能，比如可以修改脑网络节点的颜色、大小等。基于WEB的脑网络软件不仅具备GUI和三维可视化能力，它还能将客户端的脑网络计算迁移到服务器端。利用并行计算技术和分布式计算技术，它可以节省计算时间。它的最大特点是跨平台，它可以在不同机器、系统上使用。它可以在客户端显示脑网络的三维拓扑图，也可以计算脑网络的一些属性值。