非营利组织作为社会力的主要承载者，在制衡政治力与经济力从而达到三者和谐共进方面发挥着重要作用。非营利组织关系到社会的转型与发展，也是社会自治能力和公民自治意识培育之土壤。在不同历史进程和社会结构之中，非营利组织的形态与发展也不尽相同，各种相关研究也呈现百家争鸣之态。同宗同源却又走上不同历史道路的大陆与台湾，其非营利组织运作也呈现出不同特点。本文分别从大陆和台湾各选取一个倡导型环保非营利组织来进行对比研究，将所收集到的文献资料和访谈资料整合于国家—社会关系大理论框架之下，对两岸非营利组织个案从合法性来源、组织构成主体、影响政府决策这三方面进行逐层递进的对比分析。本文考察其在活动过程中有哪些不同的运作特点，分别观照了非营利组织的“独立性”、“自治性”和“制衡性”。本文发现大陆绿家园的运作呈现镶嵌性自主，而台湾主妇联盟在与政府的互动中呈现对抗性自主，并从历史叙述维度来探究这些不同之处的结构性原因。最后本文从两岸非营利组织不同的运作模式中分辨出两岸呈现不同的社会结构，大陆社会结构网状化，而台湾社会结构呈现洛克式市民社会化。最后本文还探讨了两岸国家—社会互动过程中暗含的隐忧，以期引起思考与改善。