近期发现采自越南和我国广东地区的一些海南蓝仙鹟C.hainanus样本,其羽色特征近似于蓝喉仙鹟C.r.klossi亚种,且早期研究表明,在基于3个线粒体基因(cytb,COI,ND2)和 5 个核基因(BRM,CHD1Z,MUSK,myo 和 Z185)的系统发育树揭示,C.hainanus与C.r.klossi均缺乏遗传分化。然而,仅对8个线粒体基因和核基因约6Kbp的有限数据进行分析,所得到的结果可能未能将亲缘关系较近的群体遗传结构解析开,因此C.r.klossi亚种的分类地位需要重新界定,亦有可能暗示两者之间存在基因渐渗或不完全的谱系分选。为了验证上述假说,本研究采用基于第二代测序平台的简化基因组ddRAD-seq技术,针对四个物种(包含C.hainanus、C.rubeculoides、C.glaucicomans 以及 C.unicolor 作为外群)6 个亚种/种群的45个个体,开展全基因组水平21,283个单核苷酸多态性(SNPs)位点的深入分析。根据系统发生和群体基因组分析的结果显示,C.r.klossi和C.hainanus具有高度的遗传相似性。我们建议修订C.r.kloss 的分类地位,基于命名优先原则将C.r.klossi归入Chainas,并建议将C.r.kolsi作为Chainanus的另一色型,因为不同程度的橙色胸部这一表型特征可能仅仅是单一种群内的多色型现象。根据群体基因组分析,我们发现了一个雌性Chainan.(形态居间类型)样本显示出与C.glaucicomans之间存在潜在种间杂交的可能性,并通过种间基因渐渗检测证实该Chainanus和C.glaucicomans的祖先类群之间确实存在杂交渐渗。这一杂交情况的发现表明即便存在较深的分歧,Cyornis仍然具有在非姊妹物种之间杂交的能力,这在鸣禽中是极为罕见的。但限于样本量,对Chainan.与C.glaaucicomans的杂交情况,还需要在其分布区域,尤其是可能的杂交带(云南北部、东部地区)增加更加系统地采样,并通过群体遗传学研究手段展开进一步的研究。