天山北麓是新疆维吾尔自治区经济最发达的地区，是新疆区域发展“东联西出”全方位开放的轴心地带，是人类活动对天山北麓生态系统影响时间最长，程度最深，范围最广的区域之一。玛纳斯河为天山北麓准噶尔盆地最大的内陆河，玛纳斯河流域生态系统以天山山地和准噶尔盆地两个不同类型的亚系统组成，这两个亚系统又分别与其他流域组合成独特的生态系统。玛纳斯河流域从20 世纪 50年代开始进行大规模农垦，耕地面积不断扩大。近年来，玛纳斯绿洲演变主要表现为四种模式：天然绿洲-人工绿洲；荒漠-人工绿洲；人工绿洲-荒漠；天然绿洲-荒漠。其中人工绿洲演变过程强烈，人工绿洲面积不断扩大，但部分区域因耕地盐渍化、沙漠化转而弃耕，成为撂荒地，人工绿洲-荒漠、荒漠-人工绿洲的演变过程同时发生。随着城市化进程的加速，众多的人与自然环境的矛盾日益突出，引发了一系列的生态环境问题。人类活动强烈干扰自然生态环境，生态系统出现了不稳定波动，河流下游断流，土壤次生盐渍化，尾闾湖盆干涸，土壤板结肥力退化，森林资源锐减，导致超出生态安全阈值的环境退化。鉴于以上存在的问题，本文在大量文献的基础上，并对流域进行了实地考察，提出了以玛纳斯河流域为例的干旱区生态系统稳定性评价指标体系，用ＡＨＰ方法将评价体系设定为３层(（目标层、项目层、因子层）２６个指标(地面坡度、降水强度、植被覆盖度、自然灾害强度、景观多样性指数、草地退化率、冰川退化率、森林演替速率、保护区面积比、水资源开发强度、坡度>25 °的耕地比重、单位面积水资源量、灌溉有效率、绿洲指数、盐渍化指数、防护林指数、天然草场生产力、荒漠林覆盖率、荒漠化指数、万元工业产值废物排放量、农民纯收入、林草业与农业比率、人均GDp、人口密度、万人拥有专业技术人员数、万人在校大学生数)，通过专家打分和实际情况相结合的方法确定了各评价指标的权重，并使用当前指标、数据对研究区生态系统稳定性进行了评价，得知玛纳斯河流域生态系统基本稳定，分析了玛纳斯河流域生态系统现状成因并提出了相关建议。