目前,我国的经济发展速度虽然很快,但是隐忧也很多,主要是我国单一且不合理的增长模式造成的。为此党的十六大提出以自主创新促发展。但是自主创新也分几种不同模式,各自适应不同的发展阶段。对地方政府而言判断本地区经济发展程度后才能进而决定适用的自主创新模式,而单纯靠GDP来判断只能反映经济发展的量而不能反映更加重要的质。所以,本文先以理论阐述了自主创新模式对地区经济差异的不同影响,将自主创新模式分解为两种不同模式,即原始创新模式和再创新模式,并指出了每种模式的优点与缺陷。并将地区经济差异分解为三方面,即GDP总量、主导产业、产业结构。随后逐一分析了各模式与经济差异三方面的关系,建立了理论模型,然后提出了3个假设并建立了理论模型。然后根据理论模型,选取了相应的统计指标,并对自主创新模式与地区经济差异的作用进行了解释;接着通过SPSS11.5统计分析软件对数据进行了回归分析和回归检验,得出了自主创新模式与地区经济差异之间的关系,并对提出的假设进行了检验,得出了相应的结论。随后根据实证结果,结合特定历史条件,讨论了假设检验结果,得出结论:(1)在我国目前的发展阶段,再创新相对于原始创新更能促进经济发展;(2)在我国目前的发展阶段,再创新与原始创新都是主导产业发展必不可少的关键;(3)在我国目前的发展阶段,再创新与原始创新的选择对于我国产业结构的调整并无明显影响;本论文的主要创新点在于:(1)将自主创新在模式上进行了分类,将通常所说的自主创新分解为两种模式,对每种模式都分析了其与经济差异各要素的关系并得出相应结论;(2)理论论辩与实证研究相结合,以数据而不是仅以文字说明了两种自主创新模式对不同发展程度的地区的影响;(3)文章的主旨定位在给创新决策者提供参考,相较而言更注重结论的实用性,并有理论支点和数据支持,更有说服力。