海洋蕴含巨大的资源。随着社会的发展，人们对海洋的探索也在与日俱增。水下通信能够帮助人类对海洋进行探测，从而对海洋资源进行有效开发和利用。同时，水下通信在军事领域的作用也非常巨大，在维护国家利益上有重要作用。本文根据PPM脉位编码的基本原理，提出了一种改进型跳频多脉冲信道编码方式，旨在解决多径干扰所导致的水声通信质量下降问题。这种信道编码方法使用了时域与频域的二维编码，利用了不同频带LFM信号自相关系数高，互相关系数低的特点对码元进行设计。本文通过仿真对比客观的分析了跳频多脉冲应用于PPM信道编码中的优势以及对水声通信系统性能的提升。仿真分为两部分，即水声信道建模仿真和跳频多脉冲PPM通信系统仿真。水声信道仿真中使用二次搜索法，能有效的计算出所需本征声线。进而通过建立接近真实的水声信道，对跳频多脉冲PPM水声通信系统进行分析。研究表明，跳频多脉冲PPM水声通信系统在抗多径性能上有较强的性能，其误码率接近相同条件下，无多径干扰信道的PPM多脉冲通信。