本文对欧洲、亚洲、北美等不同地区的三叶斑潜蝇标本群体进行了分子鉴定，并对其COI区域进行序列测定和分析。根据测定序列设计了三叶斑潜蝇Liriomyza trifolii(Burgess)的特异性探针，建立了应用实时荧光PCR快速鉴定三叶斑潜蝇的方法。根据Genbank及自测的发生于中国广东与台湾、日本、菲律宾、以色列、德国、美国、墨西哥和洪都拉斯等地的三叶斑潜蝇及其近缘种mtDNA COI基因部分序列，对差异最大的区域设计了TaqMan荧光探针，确定了检测条件和参数，建立了实时荧光PCR方法，通过测试的14个不同种群的昆虫，证明探针的特异性，能有效的区分和鉴定三叶斑潜蝇，建立了快速、高效的检测鉴定三叶斑潜蝇的实时荧光PCR方法。对三叶斑潜蝇不同虫态个体的检测均有效。用通用引物C1-J-1535和TL-N-3017扩增供试群体mtDNA-COI区域，产生了序列长度1500bp的片段，测序其中550 bp的片段。对中国各地种群与genebank中的序列Blast，发现各地群体同源性极高，达到100％，进一步证实了种类形态鉴定的准确性。使用PAUP4.0b10软件进行简约原则下对全世界三叶斑潜蝇根据mtDNA-COI进行系统发育关系分析，构建系统树，发现中国新发种群与世界各地种群无差异。