红侧耳CM13菌株转录组测序及木质纤维素降解功能基因的挖掘

来源 :吉林农业大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:mhouwen
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玉米秸秆生物质是地球上含量十分丰富的可再生资源,对于解决能源危机和经济的可持续发展具有极为重要的作用。但我国玉米秸秆利用率不高,仍有大量秸秆浪费甚至成为污染,因此有效利用秸秆资源已成为当务之急。玉米秸秆木质纤维素生物质的复杂结构难被降解,成为制约玉米秸秆生物质开发利用的关键因素。本论文以实验室前期通过原生质体复合诱变技术获得的可在纯玉米秸秆固体培养基中生长的红侧耳原生质体再生菌株为研究对象,筛选在纯玉米秸秆液体培养基中高产木质纤维素酶的菌株,并对其进行IT-PCR鉴定。对其降解玉米秸秆木质纤维素能力进行研究,并最终通过转录组测序(RNA-Seq),从中挖掘木质纤维素降解功能基因。一方面为揭示玉米秸秆木质素降解的分子机制奠定基础,另一方面为通过基因工程技术培育高效利用玉米秸秆木质纤维素的工程菌提供侯选基因,进而为玉米秸秆生物质资源的开发利用奠定基础。主要结果如下:1.通过拮抗实验、生长速度测定、木质纤维素酶活力测定、ITS-PCR等方法筛选并鉴定了一株在纯玉米秸秆粉液体培养基中快速生长且高产木质纤维素酶的红侧耳突变菌株CM13。其漆酶、锰过氧化物酶、木聚糖酶和纤维素酶活力分别比原菌株提高了13.07%、12.90%、19.93%和30.22%。发现其为突变菌株。2.通过纯玉米秸秆粉培养基液体发酵培养,发现第16d时木聚糖酶、纤维素酶活力均达到峰值。第4d时锰过氧化物酶、漆酶活力均达到峰值。此时,对玉米秸秆木质素、纤维素、半纤维素的总质量下降率分别达到68.86%、14.04%和28.71%。FTIR和SEM结果过表明玉米秸秆表明木质素、纤维素和半纤维均发生了降解。3.以培养12d时的菌丝体为处理组(T1),以0d为对照组(CK),分别进行RNA-Seq。RT-qPCR验证实验结果表明转录组测序结果准确。通过组装,获得Unigenes 17207个。通过四大数据库Nr,Swiss-Prot,COG/KOG和KEGG注释,获得Unigenes 11054个。通过差异表达分析,获得显著DEGs 3322个,其中上调基因1913个,下调基因1409个。4.通过CAZys数据库注释,获得玉米秸秆生物转化有关的CAZymes DEGs 675个。其中,与玉米秸秆纤维素、半纤维素和木质素降解有关的CAZymes DEGs共有89个,70个DEGs为上调基因。
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