肾透明细胞癌竞争性内源RNA分子网络的鉴定和功能预测

来源 :暨南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:luijia2006
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研究背景肾透明细胞癌是泌尿系常见的恶性肿瘤之一,其发病机制尚未明确。近年研究表明circ RNA在人类肿瘤中表达失调,参与了多种肿瘤的发生和发展。circ RNA在肾透明细胞癌的发病和发展起着怎样的作用,目前知之甚少。研究方法本课题首先对3对本院人肾透明细胞癌组织及配对癌旁组织进行环状RNA高通量测序,生物信息学分析筛选表达失调的circ RNA。随后,从The Cancer Genome Atlas数据库、Gene Expression Omnibus数据库下载肾透明细胞癌m RNA、mi RNA、circ RNA测序数据。我们以上述测序数据为基础,筛选出有表达差异的circ RNA、mi RNA及m RNA,并结合预测网站,构建竞争性内源RNA网络。最后,我们通LASSO回归、多因素COX回归等统计学方法探讨该网络与疾病预后之间的关系。研究结果首先,我们通过临床标本的测序发现509个肾透明细胞癌与癌旁组织存在表达差异的circ RNA。其次,构建了一个包含14个circ RNA(hsa_circ_0035436,hsa_circ_0084927,hsa_circ_0002111,hsa_circ_0001626,hsa_ci rc_0008259 hsa_circ_0082306,hsa_circ_0090031,hsa_circ_0056264,hsa_c irc_0035435,hsa_circ_0021553,hsa_circ_0004458,hsa_circ_0025887,hs a_circ_0037100)、36个mi RNA、314个m RNA的竞争性内源RNA网络。这个网络可能通过影响WNT通路、肾脏发育、泌尿上皮系统发育促进肿瘤的发生发展。最后,我们通过多因素COX回归及套索算法方法发现其中11个circ RNA的网络通路调控的下游m RNA与肿瘤预后相关且能很好的预测肿瘤病人的5年生存率。研究结论circ RNA在肾透明细胞癌和配对癌旁组织中存在大量的表达差异,其可能通过circ RNA/mi RNA/m RNA在内的竞争性内源RNA网络促进肿瘤的发生发展,但尚需进一步验证其价值。
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