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本研究首次将激光显微切割联合单细胞扩增、测序技术用于干细胞移植治疗后再生肌肉组织的外源性鉴定。采用脂源性干细胞治疗mdx小鼠观察到移植治疗后mdx小鼠运动功能和肌肉病理的改善，观察到骨骼肌中血管数目增加、神经肌肉接头结构恢复相对完整以及肌细胞膜上抗肌萎缩蛋白表达增加。通过利用这一良好的DMD动物治疗模型，旨在建立一套优化的激光显微切割联合单细胞PCR技术鉴定治疗后肌细胞中外源性成份的分析流程，以期为在后续的临床DMD患者干细胞治疗后的疗效评估提供强有力的证据支持和评估手段。 在本研究中，使用激光显微切割系统快速、准确地从肌肉组织冰冻切片中获取单个细胞。再利用多置换扩增技术(MDA)的单细胞全基因组扩增方法，均成功扩增了小鼠单个肌细胞的全基因组，并且检出了外源性来源的正常位点。然后我们用优化后的方法对干细胞治疗后DMD患者的肌肉组织进行单细胞的分离和测序，检测是否有正常的外源性肌肉细胞DNA的存在。通过计算样本测序结果中致病突变位点/正常位点的比率，推算出样本中含有正常的肌肉细胞的比例，其含量为3.1％～21.3％之间。但由于在MDA中容易发生等位基因脱扣(allele dropout，ADO)，是导致单碱基突变漏报的关键诱因。为了避免ADO对结果的影响，我们建立了另外一套外源性DNA成份的分析方法。根据我们的DMD的患者受体是男性，骨髓捐献着者供体也是男性，可以根据检测X染色体上致病位点附近100bp的SNP信息，挑选出供体特异性的49个SNP位点，建立样本和捐献骨髓细胞的不同单体型。再检测这些位点样本中的频率，以此来推断肌肉活检的细胞中供体占的比重推算出其余样本均含有供体来源的基因，占比为9.4％～21.3％，均值为18.0％。 我们基于半导体测序平台对200例DMD患者样本进行二代测序，确认DMD外显子缺失存在热点区域为exon45-55。并对51例在该区域发生缺失突变的患者进行精确的缺失断裂位点检测。用RepeatMasker软件以及最新的RepBase数据库对整个DMD基因进行重复元件（包括同源序列和低拷贝重复序列LCRs）查找，我们的发现在外显子45-55（包括内含子44-45和内含子55-56）区域包含大量重复元件，。通过LCRs分布和内含子长度的相关性分析，我们发现两者显著相关。并且在断裂点附近发现了一些低拷贝重复序列(L1PA16(7例)，THE1B（7例），L1MB1（5例），ALUSX1（5例））的分布，但并未观察到某个低拷贝重复序列明显富集的现象。本研究在大样本背景下对DMD基因外显子缺失的结构特征进行了阐述，并首次提出了DMD缺失断点发生的潜在分子机制。