鲫鱼一种是行雌核发育的种群，在脊椎动物进化过程中处于单性生殖和两性生殖的过渡阶段。因鲫鱼这些独特的性质，对鲫鱼的进化遗传学，分子分类学，生殖机制等方面的研究成为众多科学家感兴趣的课题。本研究利用线粒体DNA Cyt b的PCR-RFLP和D-loop测序以及微卫星分析技术，对野鲫、彭泽鲫、红鲫、金鲫、高背鲫和黑龙睛6个品系的群体遗传结构进行分析，探讨鲫鱼的遗传进化和亲缘关系以及三倍体鲫鱼的雌核发育机制，以此为鲫鱼的育种及品系的鉴定和遗传背景以及鲫鱼品种的改良提供DNA分子水平上的依据。1 线粒体DNA Cytb基因的PCR-RFLP分析利用5种限制性内切酶（HinfI, HaeIII, MspI, TaqI, HindIII）对Cyt b基因进行单酶切，结果显示HinfI和MspI 2种酶在品系间存在限制性片段长度多态性，同时在红鲫、金鲫这2个品系内也存在限制性片段长度多态性。6个品系的120个个体中，共检测到4种组合单倍型。6个鲫鱼品系的Cyt b基因大小在1 260 bp左右，聚类结果表明野鲫和黑龙睛、高背鲫与彭泽鲫的遗传距离为0，野鲫与红鲫的遗传距离为0.00039。2 6个鲫鱼品系的微卫星分析J1、J9、MFW1、MFW19、J62在6个鲫鱼品系中都有特异性扩增产物，引物J1在120条鲫鱼中有6个等位基因，J9有9个等位基因，MFW1有10个等位基因，MFW19有8个等位基因，J62有11个等位基因。平均每个位点的等位基因数为8.8个，其中J62位点最多（为11个），J1位点最少（为6个）。在J1、J9、MFW1、MFW19、J62这5个微卫星位点的扩增图谱中，不同的品系扩增出各自独特的图谱，而同一品系内的不同个体间具有高度的遗传同质性。这与本研究的PCR-RFLP的分析结果一致。不同品系间的扩增图谱呈现遗传的异质性，所扩增出的一些带纹可做为区分不同品系的分子标记。利用微卫星资料聚类结果表明，彭泽鲫和高背鲫的遗传距离最近，为0.0032；金鲫和红鲫的遗传距离中等，为0.1542；野鲫和金鲫的遗传距离最远，为0.8227。从而利用5个微卫星标记揭示了6个鲫鱼品系间的亲缘关系。 <WP=6>3 3个鲫鱼品系的线粒体DNA D-loop的遗传多态性分析线粒体DNA D-loop 438 bp经测序后，利用MEGA软件对其进行了序列分析，共发现40个变异位点，占总序列的9.13％，其中20个为碱基替换，替换比例是4.56％，并且核苷酸替换多为转换，转换/颠换的比例为6：1；其余的20个为插入/缺失。碱基替换与插入/缺失的比例为1：1。利用mtDNA D－loop资料聚类分析表明，红鲫与金鲫亲缘关系较近，与彭泽鲫亲缘关系较远，这与本实验微卫星和PCR-RFLP的结果相一致。