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大果榕复合群(Ficus auriculata complex)属于榕属Ficus、聚果榕亚属subg. Sycomorus、聚果榕组sect. Sycomorus、大果榕亚组subsect. Neomorphe,该复合群内物种在叶片大小和形状,榕果大小及形态,花被片的分离程度以及鞭状枝的长度等形态特征上具有较大的变异,极易混淆,物种之间的分类问题也一直存在很大的争议。本文获得了大果榕及近缘种样品112份,从分子生物学的角度出发,运用系统发育分析和遗传距离聚类分析方法对复合群内物种进行研究：一是选取了两个核基因片段ITS和G3pdh与四个叶绿体片段trnH-psbA, trnL-trnF, trnS-trnG和psbK-psbl,通过测序得到723条碱基序列(不包括GenBank中下载的片段),进而构建系统发育树探究复合群内物种间的系统发育关系；二是筛选出15对多态性较高的引物,荧光标记后对复合群内物种进行SSR分析,共扩增出179个等位基因,每对引物平均11.9个位点。结论如下：1.首次明确了大果榕复合群的范围,包括大果榕F. auriculata、苹果榕F. oligodon、海南榕F. hainanensis、北碚榕F. beipeiensis和杂色榕F. variegata5个物种。核基因数据集的系统发育树显示,大果榕复合群为单系类群,不包括F.nodosa等主产于马来西亚的物种,复合群内部的拓扑结构不能够提供足够的信息,每个物种的样品均不同程度地与其他物种样品混在一起。叶绿体联合数据集所得到的系统发育树的分辨率较低,在核心类群形成的分支中,大果榕F. auriculata、苹果榕F. oligodon、海南榕F. hainanensis、北碚榕F. beipeiensis和杂色榕F. variegata混杂在一起,但包含了聚果榕F. racemosa、鸡嗉子榕F. semicordata和地果F. tikoua的样品,与核基因数据的结果明显不一致,因此未将核基因数据与叶绿体数据进行联合分析。2.SSR数据的UPGMA聚类分析表明,大果榕、苹果榕、海南榕和北碚榕的关系十分密切(0.81<SM<1.00),不同物种样品之间相互交错,没有表现出明显的分化；主坐标分析结果与聚类树基本一致,所有样品分散于整个坐标系中并相互重叠,说明各物种间的遗传距离很近。因此,建议将大果榕、苹果榕、海南榕和北碚榕这四个物种作为一个种处理。3.杂色榕与复合群内其他4个物种关系密切,然而该物种与大果榕等是属于同一物种还是独立的物种有待进一步考证。