RNA病毒是一类遗传物质由RNA组成的病毒,在自然界中RNA病毒的数量及其庞大,其基因组及转录复制极具多样性。许多人类、动物以及植物的严重疾病都是由RNA病毒感染引起的,对其进行深入研究不仅能够帮助我们加深对RNA病毒本身的理解,更能够对RNA病毒引起的相关疾病的诊断和治疗提供理论基础。病毒感染并寄生于宿主细胞,病毒需要不断的适应和改变宿主细胞的环境以帮助自身完成复制、装配、释放子代病毒粒子或潜伏感染的生命过程。而另一方面,宿主细胞为了抵御病毒的入侵,会做出多种反应,包括以启动抗病毒通路或凋亡通路等方式来达到清除病毒的目的。在这一过程中,大部分都是通过蛋白与蛋白之间的相互作用来完成的。因此研究病毒感染过程中病毒与宿主细胞蛋白之间的发生的相互作用十分必要的。在针对RNA病毒与宿主细胞组蛋白的相互作用研究中,我们还利用人类肠道病毒71型(EV71)感染人横纹肌肉瘤细胞(RD),研究组蛋白修饰以及表观遗传调控机制在病毒感染过程中发挥的功能。我们发现宿主细胞的组蛋白H3在EV71病毒感染时发生了N末端蛋白酶切割现象,通过质谱策略我们鉴定到了组蛋白H3发生切割的位点并同时鉴定到了组蛋白上各种修饰发生的变化。在进一步研究中我们发现,组蛋白H3的N末端切割是由EV71病毒编码的蛋白酶3C介导的,3C蛋白酶可以进入细胞核并通过和组蛋白H3相互作用的方式来完成切割反应。同时我们通过真核纯化的方法得到了纯化的3C蛋白以及其酶活性突变3C蛋白,并在体外进行了组蛋白H3的切割实验,结果显示3C蛋白在体外同样可以切割组蛋白H3,而突变的3C蛋白不能进行切割反应。这些研究表明,EV71病毒能通过其编码的3C蛋白酶所介导的组蛋白H3的N端切割,达到改变组蛋白的目的,有可能是一种病毒调控宿主基因表达的新机制,将对病毒本身的复制以及宿主细胞产生全面影响。在针对登革病毒感染宿主细胞的蛋白质组学研究中,我们使用稳定同位素双甲基化肽段标记方法以及TiO2富集磷酸化肽段方法,通过色谱分析对肽段进行分级分离,运用定量蛋白质组学技术,我们对2型登革病毒(DENV-2)感染人类红白血病K562细胞系所诱导的宿主细胞整体蛋白质表达以及蛋白质磷酸化翻译后修饰进行了研究。一共定量到了2263个蛋白以及799个磷酸化蛋白和2440个磷酸化修饰位点。其中有321个显著差异表达蛋白、189个显著差异磷酸化蛋白以及501个差异磷酸化修饰位点。通过生物信息学分析工具对质谱结果进行分析,包括蛋白功能分类分析、生物学过程分析和蛋白相互作用网络分析。我们发现了在登革病毒感染过程中被显著富集的生物学过程,包括RNA剪切(RNA splicing)、细胞大分子生物合成(Cellular macromolecule biosynthetic process)、mRNA加工(mRNA processing)、转录调控(Regulation of transcription)。在进一步的蛋白相互作用分析中,我们发现了HDAC1、BID、EIF3E、GRB2、SAP18等几个蛋白在被富集的通路中处于蛋白相互作用网络的中心,并进一步通过免疫印迹法对这几个靶蛋白进行表达水平验证。