随着近年来城乡一体化进程的推进和国家对乡村旅游的日益重视,在云南景区旅游业加速发展的背景下,景区周边的村落保护与更新发展已然成为了刻不容缓的问题。村落是一个复杂的社会系统,它的演变过程是多方因素共同作用的结果,在经历了漫长的自组织循环后才形成了如今的社会、经济、自然和文化特征。受到快速城镇化和旅游业的影响,云南风景区村落的自组织循环过程受到了外部力量的干预,导致村落空间结构形态趋于失衡,很多村落也逐渐失去了其承载的多元化信息与结构。这些受景区旅游发展影响下的村落不仅需要保护,也需要可持续性的更新发展。本论文从自组织理论角度出发,从分析村落的形成过程及发展现状入手,通过对案例地东川红土地景区下花石头村、剑川沙溪景区沙登村以及元阳县阿者科村的实地调研与演变分析,挖掘风景区村落的自组织演化规律,并梳理出风景区村落在旅游业影响下所产生的问题并对其根源进行剖析。在尊重村落自组织规律的前提下,明确村民的主体地位,把握好政府、规划师、村民三者之间的关系,明确村落现如今继续进行自组织演化的动力来源,并构建出以利益分配激励机制、社会生活激励机制、监督与约束机制为主导的“自组织激励机制”引导村落进行保护与更新,使村落的自组织发展与旅游业发展相协调。并用其指导红土地景区下花石头村的整治更新设计,进一步论证激励机制指导村落自组织保护与更新的策略和方法。