生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。如何快速而有效地对生物数据进行处理,从而发现蕴涵于其中的丰富生物知识,是生物信息学研究的重要内容。其中,生物序列的索引技术是目前的一个研究热点。本文主要是对生物序列的索引结构进行研究,重点研究了索引结构的构造算法。首先介绍了索引技术的发展现状,阐述了后缀树和后缀数组索引结构的定义以及相关概念,总结了国内外现有的索引结构构造算法。然后着重介绍并分析了基于后缀数组和后缀树等数据结构的索引结构构造算法。对于较小的序列来说,后缀树索引是一种很好的解决办法,但由于存在“内存瓶颈”问题,不适合大的序列；而后缀数组则需较少的存储空间,但在数据搜索方面的效率却较低。由此,本文基于自顶向下的后缀树构造思想,提出了一种基于后缀树的索引结构分步构造算法。首先对所有后缀按照字母表顺序进行排序,再求出有序相邻后缀之间的最长公共前缀,最后根据后缀顺序和最长公共前缀构造后缀树。该算法不但可以在线性时间内构造后缀树,而且不需要使用后缀链,在一定程度上缓解了“内存瓶颈”问题。