为解析奶牛乳腺菌群结构特征及奶牛品种和环境菌群对乳腺菌群形成的影响,本研究选取夏洛莱、西门塔尔和草原红牛三个品种共24头奶牛,分别收集牛奶样品及其饲养环境土壤样品,利用16S rRNA基因Illumina HiSeq高通量测序及生物信息学手段对各样品菌群结构进行了分析。结果显示,在微生物“属”的分类学水平上,奶样共检出256个属,优势菌以Acinetobacter、Chloroplast-Unclassified和Bacillus 为主,相对丰度分别为 11.06%、10.44%和4.13%。其中夏洛莱品种检出76个属,优势菌以Acinetobacter、Chloroplast-Unclassified和Bacillus为主,相对丰度分别为 17.38%、12.16%和7.57%;西门塔尔品种检出174个属,优势菌以Acinetobacter、Chloroplast-Unclassified和Aneurinibacillus为主,相对丰度分别为11.14%、8.14%和6.70%;草原红牛品种检出46个属,优势菌以Chloroplast-Unclassified、Streptomyce和Acinetobacter为主,相对丰度分别为29.67%、7.55%和7.47%。不同品种奶牛的优势属和丰度存在差异,三个品种均有共享菌属,但相似度不同。土样共检出32个属,优势菌以Bacillus、Sporosarcina和Ruminococcaceae为主,相对丰度分别为13.10%、12.89%和11.00%。各土样菌群比较分析结果表明,不同环境样品之间共享的优势属和丰度存在差异,最低相似度为5.88%,最高相似度为33.33%。将不同品种奶牛奶样菌群与相应的饲养环境土样菌群进行比较发现,它们之间均有共享菌属,但相似度各有差异。各样品菌群结构比较分析结果表明,奶牛品种和环境菌群对本文所研究的奶牛乳腺菌群的形成有一定的影响,为奶牛乳房炎的防控措施提供了理论依据。