DNA指纹技术的出现,给种质鉴定带来了革命性的变化,由于它直接反映DNA水平上的差异,具有高度的专一性和特异性,不同物种、同一物种不同品种所得DNA指纹各异,就像人类的指纹一样,成为当今先进的种质鉴定技术。玉米是我国重要的粮食作物,也是我省主要的农作物之一。农民在购买玉米种子时,从玉米种子的外在形态上无法准确判断其品种类型和质量优劣,从而造成经济损失。因此,准确识别和鉴定玉米种子对发展我省的经济和关注农民生产都有着极其重要的意义。吉林省科技厅已于2006年启动了玉米DNA指纹数据库建立的研究项目。本文基于目前此领域研究的难点问题,阐述了聚丙烯酰氨凝胶电泳实验的方法,讨论了其操作方便,重复性好,谱带清晰容易辨认等的优点。介绍了凝胶电泳图像分析中分子量的计算方法和实现过程。在此基础上,探讨了分子量计算的原理及必备参数的获取,分析了参数的获取途径及原则提出了凝胶电泳分子量测定方法以及泳道及条带坐标的确定算法的实现。针对实验数据进行研究,设计了一个玉米种子DNA指纹图谱库系统,并给出了相应的编码方案。本文的算法实现利用Visual C++、Matlab混合编程。Visual C++用于图形界面(GUI)的设计与实现,Matlab用于图形处理。采用Microsoft SOL Server 2000数据库开发技术。