同仁堂股份公司与中国中成药市场一样正发生着深刻的变化。一方面,虽然同仁堂还处在中药第一集团,这几年都以 30%速度在增长,但是竞争者,如汇仁、太极、云南白药等药业公司发展速度也很快,正冲击着同仁堂的传统市场。而 2003 年 1 月后,国外制药企业可以进入中国药品零售业,同仁堂将面临国内外企业的竞争。另一方面,公司内部管理似乎出现了弊端,职能部门与销售部门配合环节多而缓慢,信息反馈链中断,药品成本高居不下,季节性断货每年都有,畅销药品短缺,而其它药品的存货每年都在增加,公司成本增加速度要比利润增加速度要快。1999 年～2001 年期间,公司的主营业务净收入年均增长 38.90%,但主营业务成本却以年均增长 44.67%的速度吞噬着利润。特别是自 2002 年 3 月以后,随着同仁堂集团的战略调整——集团专注于资本运作,将经营权下放股份公司,明确要求股份公司要努力提高公司的市场适应力、应变力和核心竞争能力,以迎接入世给中药行业带来的机遇和挑战。同仁堂股份公司的经营机制出现了大的变动,原有组织结构需要重新评价和设计,必须在组织结构和运营方式等方面尽快规范和提高,明确各部门、各单位的职能,同时通过流程和制度等使整个公司高效运转,以便使同仁堂股份公司成为真正的经营主体。