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利用野生种与栽培种进行杂交,向栽培种渐渗新型抗病、抗逆基因,改良和提高栽培种的抗病性和耐逆性等,是拓宽栽培作物遗传基础,丰富作物遗传多样性的有效途径。但由于基因连锁累赘等,将外源基因导入后经常会使栽培种原有品种的品质或产量等农艺性状的下降。为了打破这种连锁累赘,拓宽栽培棉花的遗传基础,将野生种的优异基因向栽培种高效转移,本研究以陆地棉遗传标准系TM-1为受体亲本,以雷奇蒙地棉和尤卡坦氏棉两个高抗黄萎病的陆地棉半野生种为供体亲本,开展了陆地棉种内渐渗系的构建研究。其主要结果如下:1.遺传框架图谱的构建本研究共利用7080对SSR引物（包括新开发SSR引物200对）,对陆地棉TM-1与尤卡坦氏棉（TX-1046）、TM-1与雷奇蒙地棉（TX-256）进行多态性筛选。结果表明,组合TM-1 ×尤卡坦氏棉共筛选获得多态性引物468对（多态率6.61%）,其中新开发的多态性引物38对（多态率19%）;利用这468对多态性引物对由115个单株组成的BC1群体进行基因型分析,结果共产生537个多态位点。组合TM-1×雷奇蒙地棉共筛选获得多态性引物309对（多态率4.36%）,其中新开发的多态性引物28对（多态率14%）,利用这309对引物对由125个单株组成的BC1群体进行基因型分析,结果共产生344个多态位点。这两个群体共有89个共同位点,将这些共同标记作为桥梁,进行遗传框架图的整合,结果整合框架图中含有713个位点。该整合图谱总长度3594.70cM,覆盖整个基因组的87.78%（4449.73 cM）,位点间的平均距离为5.04cM。A亚组的位点总数为316个,平均距离为5.92cM,总长度为1870.48 cM,连锁群数有20个。最长的染色体是Chr.A5（256.67cM）,最短的是Chr.A4（72.36 cM）;标记位点数最多的是Chr.A5（36个）,标记位点数最少的是Chr.A4（10个）;相邻位点间的平均距离最大的是Chr.A12（8.93cM）,最小的是Chr.A6（3.41 cM）。D亚组的位点总数为397,平均距离为4.34cM,总长度为1724.22cM,连锁群数有17个。最长的染色体是Chr.D5（218.51cM）,最短的是Chr.D4（59.51cM）;标记位点数最多的是Chr.D8（50个）,最少的是Chr.D4（10个）;相邻位点间的平均距离最大的是Chr.D13（7.40cM）,最小的是Chr.D6（2.41cM）。对这些标记进行χ2测验,以了解这些标记在BC,分离群体中是否符合孟德尔1:1的分离规律（P<0.05）。结果发现,共有191个位点发生偏分离,偏分离率为26.79%（191/713）,A亚组有72个（22.78%）,D 亚组有 119 个（31.40%）。187（97.91%）偏向于受体 TM-1,4（2.09%）偏向于F1。随机分布在26条染色体上,偏分离位点最少的是Chrs.A4和D4（1）,偏分离位点数最多的是Chr.D7（23）;偏分离率最低的是Chr.A11（9.68%）,最高的是Chr.D7（62.16%）。共有14个SDRs,A亚组有4个,D亚有10个,D亚组是A亚组的两倍多。2.渐渗系的分子鉴定在BC3F2进行外源染色体渐渗片段的鉴定,结果表明,两个半野生棉（雷奇蒙地棉和尤卡坦氏棉）染色体渐渗片段的总长度为3887.75cM,每个片段的平均长度11.15cM,能够覆盖整个基因组的71.55%，A亚组的覆盖度76.77%，D亚组为65.88%。导入片段的长短不一,从1.10到58.80cM均有分布。每条染色体平均导入片段的总长度为 148.80cM,最长的是 Chr.A9,330.20cM,最短的是 Chr.D4,39.70cM。每条染色体平均覆盖长度为98.92 cM,片段覆盖最长的染色体是Chr.A9,177.37 cM,最短的 Chr.D4,35.49cM。覆盖度最大的是Chr.A12,97.04%,最小的 Chr.D8,42.19%。覆盖度超过80%的染色体有Chrs.A3、A8、A9、A10、A12、A13和D10。来源于亲本雷奇蒙地棉的渐渗片段的平均长度为10.74cM,总长度为1104.15cM,占总导入片段长度的28.40%。来源于亲本尤卡坦氏棉的渐渗片段的平均长度为11.32cM,总长度为2783.60 cM,占总导入片段长度的71.60%。3.渐渗系产量和纤维品质性状的分子标记关联分析利用TASSEL2.1软件的混合线性模型程序,采用Q+/C+MLM模式对渐渗系群体和产量因子、纤维品质相关性状的表型变异进行了关联分析。结果发现,与单铃重关联的位点共37个,表型变异解释率为1.02-13.23%。其中13个位点可以在2个环境中检测到,1个位点可以在3个不同的环境中检测到。A亚组有16个位点;D亚组有21个位点。Chrs.A1、A4、A10、A11、A13、D8和D10每条染色体上各有1个位点,Chrs.A5、D5和D9每条染色体上各有2个位点,Chrs.A3、A9、A12和D13每条染色体上各有3个位点,Chrs.D1、D3和D7各有4个位点。与衣分关联的位点共33个,表型变异解释率为1.00-12.23%,其中8个位点可以在2个环境中检测到,1个位点可以在4个不同的环境中检测到。A亚组关联到14个标记位点;D亚组19个标记位点。Chrs.A5、A7、A11、D1、D2、D4、D5、D8和D11每条染色体上各有1个位点,Chrs.A3、A9、A12、A13和D7每条染色体上各有2个位点,Chrs.A10和D9每条染色体上各有3个位点,Chrs.D3和D10每条染色体上各有4个位点。与籽指关联的位点共38个,表型变异解释率为1.09-8.19%。其中6个位点可以在2个环境中检测到,4个位点可以同时在3个不同的环境中检测到。A亚组关联到18 个位点,D 亚组有 20 个位点。Chrs.A6、A7、A8、A11、D2、D4、D5、D6 和 D11每条染色体上各有1个位点,Chrs.A1、A5、A9和D3上各有2个位点,Chrs.D7、D9和D10上各有3个标记位点,Chrs.A12、A13和D1上各有4个位点位点。与伸长率关联的位点共计15个,表型变异解释率为2.14-14.77%。4个位点可以在2个环境中检测到。A亚组有8个位点;D亚组有7个位点。Chrs.D3、D9、D11、D12和D13每条染色体上各有1个位点,Chrs.A13和D5上各有2个位点,Chrs.A1和A7上各有3个位点。与纤维长度关联的位点有17个,表型变异解释率为2.53-14.34%。3个位点可以在2个环境中检测到,1个位点可以在3个不同的环境中检测到。A亚组有7个位点;D亚组有10个位点。Chrs.D5、D6、D8和D10每条染色体上各有1个标记位点,Chrs.A9、A13、D9、D11和D12上各有2个标记位点,Chr.A7上有3个标记位点。与纤维强度关联的位点有17个,表型变异解释率为2.45-15.49%。6个位点可以2个的环境中检测到。A亚组有9个位点;D亚组有8个位点。Chrs.A7、A8、A9、A11、A13、D2、D4、D11和D13每条染色体上各有1个标记位点,Chrs.A1、A6、D8和D9上各有2个标记位点。与整齐度关联的位点有16个,表型变异解释率为2.58-17.24%。只有1个位点可以2个环境中检测到。A亚组有8个标记;D亚组有8个标记。Chrs.A1、A3、A8、A9、D6和D10每条染色体上各有1个标记位点,Chrs.A6、A7和D11上各有2个标记位点,Chr.D9上有4个标记位点。与马克隆值关联的位点12个,表型变异解释率为5.70-14.42%。4个标记可以在2个环境中检测到。A亚组有7个位点;D亚组有5个位点。Chrs.A1、A2、A6、A9、A11、D9和D11每条染色体上各有1个标记位点,Chr.A7上有2个标记位点,Chr.D8上有3个标记位点。4.渐渗系产量、品质、抗病性及抗早性评价经过农艺性状和抗逆性的鉴定评价,从115个渐渗系中筛选获得了铃重、纤维长度、强度等性状较TM-1有一定提高的3个渐渗系,分别是大铃长纤维渐渗系IL-A1-1,大铃高强纤维渐渗系IL-D9-1,高衣分高强纤维渐渗系IL-D10-2;5个耐黄萎病性有一定改善的渐渗系IL-D2-3、IL-D2-2、IL-D7-1、IL-A8-1和IL-A9-1;3个抗旱渐渗系IL-A11-1、IL-A13-1 和 IL-D5-1。