相关研究表明,科学合作是技术创新的关键,近年来,科学合作受到了地理学界以及相关决策部门的关注。西方经济地理学界从地理邻近、社会邻近视角对科学合作进行了深入研究。而国内经济地理学界对科学合作课题的研究尚处于起步阶段,有许多关键问题有待深入。　　 生物产业是当今最具有生机和活力的战略性产业之一,已经成为我国新的经济增长点。但是,我国生物产业普遍存在技术创新能力低的问题。生物化学与分子生物学是前沿生物技术的基础性学科和关键性学科,以该学科的科学合作为样本进行研究对于提高我国生物产业创新能力更具有实践意义。　　 本文首先选取生物化学与分子生物学领域2005-2009年合著论文为数据源,通过编程(C++)对合著论文的单位、地理属性进行提取,最终得到约5万对基础数据。在此基础上,应用中间中心度(betweenness centrality)等指标对我国科学合作的网络结构与空间结构进行了量化分析。研究认为,我国生物化学与分子生物学领域科学合作呈现梭形结构,空间极化现象明显；东部地区的北京与长春是合作网络的核心,而西部地区的城市多处于网络结构的边缘,有被孤立和进一步边缘化的危险。另外,从技术支撑角度讲,北京与长春最适合发展生物产业；其次是南京、上海、武汉、长沙、雅安等城市。　　 随后,借鉴西方经济地理学相关研究,本文从地理邻近以及社会邻近两个因子切入,应用salton指数、引力模型、回归分析等方法,在城市与全国两种空间尺度下对我国科学合作的影响因子进行了研究。研究得出三方面的结论:一是地理邻近对于科学合作的影响体现在微观和中观尺度上,在宏观尺度上没有明显体现；而社会邻近的影响在所有尺度上均有体现。二是地理邻近不是必不可缺的,但对于大多数城市而言,缺乏地理邻近会直接导致科学合作效率低下；三是发现了一个由社会邻近因子所导致的特殊现象:我国科学合作在“同城”的空间范围内高度集中。这是由于我国城市间各自为政现象严重,城市间存在制度壁垒,缺乏社会邻近。而西方发达国家已基本实现区域一体化,所以在西方的研究中没有凸显出现科学合作的“同城”现象。依据上述研究结论我们提出了一些促进科学合作的建议。例如,对于科研单位而言,应对科学合作伙伴的社会背景给予充分的关注,社会邻近会在很大程度上影响科学合作的质量和效率；对于决策部门而言,本文研究证实,教育部援助科技落后地区学科建设的工作有一定成效,但是当前科技落后地区仍有被边缘化的趋势,对此,相关部门可以着眼“同城”的空间范围,因势利导,采取新的举措。　　 最后,本文从研究样本的选择、指标与模型选取、研究的时间维度等方面对本文的研究不足进行了分析,并提出了以后可能的研究方向。