我国自由贸易实验区(以下简称“自贸区”)建立后,政府出台了以平行进口方式鼓励汽车进口的政策,加之新兴贸易业态的高速发展,商标平行进口在我国进出口贸易中已成为不可回避的问题。商标平行进口不只是单纯涉及知识产权保护的法律问题,更是关系到国际贸易和国家经济政策等问题。自贸区商标平行进口的核心问题实质上是贸易自由化与商标权保护之间利益平衡问题。由于我国现行商标平行进口法律制度的缺失,海关在履行知识产权边境保护职责时,商标平行进口监管面临着无法可依的尴尬局面。如何在自贸区范围内开展法规和监管制度的探索,以明确的法律依据规范商标平行进口,促进我国对外贸易和国内市场更好地发展,是学界和司法部门、海关部门亟待解决的问题。为此,本文分析探讨自贸区商标平行进口法律制度的构建,以及海关在此领域开展知识产权执法等问题。本文共四章。第一章明确商标平行进口知识产权边境保护的基本概念,分析商标平行进口涉及的法律原理,提出自贸区商标平行进口知识产权边境保护的必要性;第二章分析我国自贸区商标平行进口及其相关知识产权边境保护政策现状及面临的问题;第三章分析国际条约和世界各主要经济体对于商标平行进口法律规范和针对商标平行进口态度的演变,为我国商标平行进口的法律规制提供参考;第四章提出完善自贸区商标平行进口知识产权边境保护制度以及海关如何开展商标平行进口的知识产权边境保护的建议:原则上允许商标平行进口,设定不允许平行进口的例外条款保护商标权人利益。