背景:乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus,HBV）是一种嗜肝性病毒。感染HBV病毒的患者容易从慢性乙型肝炎病毒感染（Chronic hepatitis B virus infection,HBVI）进展至慢性乙型肝炎（Chronic hepatitis B,CHB）、肝硬化（Liver cirrhosis,LC）,甚至到终末期肝脏疾病和肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）,会对社会和家庭造成巨大的经济负担。人类肠道微生态系统是一个复杂的内部环境。自从“肠-肝轴”概念的出现,肝脏和肠道微生态的紧密联系就被人们所认识。肠菌移植（Intestinal microbiota transplantation,IMT）可作为一种免疫调节手段治疗乙肝,但是具体菌群作用不详。为了进一步研究乙肝不同阶段特征菌群,我们希望通过比较分析找出肠道差异菌群和差异通路,探讨其潜在作用机制,为IMT在临床中治疗肝病患者提供理论与实践基础。目的:通过对慢性HBV感染、慢性乙型病毒性肝炎、乙型肝炎肝硬化三组患者的粪便进行16S rRNA基因测序,探讨慢性乙肝患者HBVI、CHB、LC三个不同疾病阶段下的差异菌群和差异代谢通路,为未来精准化IMT治疗乙肝患者提供理论基础。方法:纳入14例慢性HBV感染（HBVI）患者,31例慢性乙型病毒性肝炎（CHB）患者,24例乙型肝炎肝硬化（LC）患者。收集粪便样本,提取总DNA,利用16S rRNA基因检测法分析HBVI、CHB、LC三组人群的肠道菌群差异及差异性通路。结果:从α多样性角度来看,CHB组含有的独有OTU数量最多,LC组次之,HBVI组最少,LC组的菌群多样性最低,显著低于HBVI和CHB两组,而HBVI组和CHB组两组间差异不显著（p>0.05）。在β多样性方面,ANOSIM分析结果提示HBVI组、CHB组和LC组间的菌群结构差异明显（p=0.0059）,PCA、PCoA、以及NMDS分析结果均提示,HBVI组和CHB组菌群结构相似,而LC组则明显不同于另两组。通过对三个分组不同分类水平的细菌类群进行比较,我们发现HBVI组含有更高比例的Bacteroidetes（拟杆菌门）等6个菌类及更低比例的Firmicutes（厚壁菌门）等4个菌类;CHB组含有更高比例的Actinobacteria（放线菌门）等4个菌类和更低比例的Bacteroidetes（拟杆菌门）等3个菌类;LC组含有更高比例的Fusobacteria（梭杆菌门）等3个菌类和更低比例的Proteobacteria（变形杆菌门）等8个菌类;Prevotella（普氏菌属）等4个菌类在从HBVI到CHB再到LC的过程中逐渐减少,而Escherichia.Shigella（埃希氏菌-志贺氏菌属）等8个菌类则呈现相反的变化;根据KEGG、COG数据库得到的预测结果,我们发现,HBVI、CHB、LC三组含有显著差异表达的通路（p值均<0.05）。预测LC组通路Renal cell carcinoma等21条通路表达量均高于HBVI和CHB组。结论:HBVI、CHB、LC三个临床阶段的患者具有显著差异的菌群及通路。而这些差异菌群和差异通路可能是疾病的预测因子和治疗靶点。Verrucomicrobia（疣微菌门）等12个菌类及高表达的差异通路可能是实现乙肝IMT精准治疗的靶点。因此,基于HBVI、CHB、LC三组微生物群的进一步研究可能为疾病的发病机制和治疗策略提供新的见解。