转Bt基因作物是全球商品化程度最快的转基因作物之一，大面积种植转Bt基因作物后，会产生大量的含有Bt杀虫蛋白的植物秸秆，这些秸秆如果“秸秆还田”则使秸秆中含有的Bt杀虫蛋白进入土壤生态系统，造成Bt杀虫蛋白在土壤中的累积，从而可能影响土壤生态系统的平衡。本实验试图通过生物肥料发酵技术、高温碱法以及沼气发酵技术将转Bt基因水稻秸秆中CrylAc蛋白降解。　　 从全国不同土壤中筛选出9株能够降解CrylAc蛋白的菌株，对降解效果最好的菌株进行了鉴定，并应用在后续的试验中。利用该菌株进行生物肥料发酵及沼气发酵降解转Bt基因水稻秸秆中CrylAc蛋白。通过单因素试验确定了利用生物肥料发酵技术降解转Bt基因水稻秸秆中CrylAc蛋白的主要影响因素，在此基础上，通过L9(34)正交设计及SAS分析对生物肥料生产过程中影响CrylAc蛋白降解的各个工艺参数进行优化，从而使降解率得到了大幅度的提高。在利用沼气发酵过程降解转Bt基因水稻秸秆中CrylAc蛋白时，发现在沼气生产初级阶段，CrylAc蛋白已基本完全降解。通过单因素实验确定了高温碱法影响转Bt基因水稻秸秆中CrylAc蛋白降解的主要因素，在此基础上，通过L9(34)正交设计及SAS分析对高温碱法影响CrylAc蛋白降解的各个工艺参数进行优化，以较低成本使降解率达到100％。　　 具体研究结果如下：　　 1、从全国5种不同土壤中筛选出9株可降解Bt蛋白的菌株，分别将9株菌的0.1ml菌上清液加入到0.9ml的Bt蛋白上清液中，37℃，温浴4h，两者作用后经SDS-PAGE凝胶电泳分析，130 kD对应的Bt蛋白条带均消失，经多次重复试验，发现菌株FJSB3可稳定的降解Bt蛋白。对该菌进行菌落形态观察、电镜观察、生理生化试验以及16S rDNA序列克隆测定，初步判定FJSB3为寡养单胞菌属细菌(Stenotrophomonas sp.)。　　 2、通过单因素实验确定了影响生物肥料发酵过程中细菌FJSB3对转基因水稻秸秆中CrylAc蛋白降解的主要因素为：发酵温度，初始菌液浓度，pH值以及碳氮比(C/N)。再通过L9(34)正交表及SAS分析确定影响转基因水稻秸秆中CrylAc蛋白降解率各因素主次关系依次为：C/N>初始菌液浓度>pH>温度，并确定最优参数组合：C/N为30/1、菌液浓度为2.0×106 CFU/ml、pH为6.0、温度为33℃，在此条件下发酵4天时细菌FJSB3对转基因水稻秸秆中CrylAc蛋白的降解率为96.25％。　　 3、将转基因水稻秸秆与蒸馏水以1:4(质量比)比例混合，45℃湿润1天。向预处理的转基因水稻秸秆中喷洒沼气发酵剂和尿素溶液以及FJSB3菌液，45℃下发酵8天时CrylAc蛋白降解率达到95.8％。说明在沼气发酵初期阶段未进入发酵罐之前，转基因水稻秸秆中CrylAc蛋白已基本完全降解。　　 4、通过单因素实验确定了影响高温碱法对水稻秸秆中CrylAc蛋白降解的主要因素为：温度、pH值、热处理时间。再通过L9(34)正交表及SAS分析确定影响水稻秸秆中CrylAc蛋白降解率各因素主次关系依次为：pH值>温度>热处理时间，并确定最优参数组合：pH为14、温度为140℃、加热时间为1.5h，在此条件下转基因水稻秸秆中CrylAc蛋白的降解率达到100％。