微生物群落结构受自然因素与人类活动的共同影响。污水处理厂废水排海是沿海地区典型的干扰环境的人类活动,会造成纳污区水质变差和生态退化。微生物作为生态系统的重要组成部分,在污染物降解和生态修复中发挥重要作用,然而有关污水排放对微生物群落影响的研究尚不多见。为解释长期污染输入影响下,微生物群落如何应对干扰,本研究从杭州湾沿岸2个污水厂的纳污区——嘉兴纳污区(JX)和上虞纳污区(SY)采集沉积物样品,通过对比研究,探讨近岸纳污区微生物群落对陆源污染的响应。首先通过对群落16S rRNA基因的高通量测序,分析了沉积物中微生物群落结构;通过主坐标分析(PCoA),确定2个纳污区微生物群落结构存在显著差异;进行LEfSe分析,查找出关键的差异微生物物种;采用冗余分析(RDA)显示自然因子水温和污染因子COD、沉积物中活性磷和氨氮显著影响了微生物群落结构;最后,将差异微生物与环境因子进行相关性分析,确定了环境因子的不同导致出现差异性微生物,并引起群落结构改变。其后对微生物群落进行FAPROTAX功能预测,共计预测到80种功能,包括碳代谢、氮代谢、致病相关和重金属抗性等功能。利用线性判别分析(LDA)对碳、氮代谢相关基因进行差异性分析;对微生物群落功能与环境因子进行冗余分析,识别到显著影响群落功能的环境因子是水中COD、水温及沉积物中活性磷和氨氮。利用MENA共现性网络对2个纳污区微生物网络进行对比,发现更高的环境压力使微生物之间更趋向于构建简单网络结构和相互合作。利用零模型分析微生物群落组成机制,发现群落组成主要为选择性的结果,符合生态位理论。本研究的重要发现为:SY群落组成与水中COD呈显著正相关,其特有物种具有降解有毒有害有机污染物的功能,这与SY污水处理厂排放的COD总量高、且可能大多为难降解污染物有关。同时污染排放也使微生物群落功能改变,导致近岸纳污区微生物群落功能出现差异。人类活动影响已经强烈改变微生物群落结构、功能及其进化,建议应针对当地的水环境特征,对污水厂处理工艺进行改进,对污水处理的排海标准进行补充和完善。