近年来,我国慈善公益组织在社会和政府的推动下有了很大的发展。慈善组织遍布全国,其服务范围由扶贫帮困发展为包括救济在内的医疗卫生、科技文化、环境保护和就业服务等与人类生存密切相关的方方面面。它发挥着有别于政府和企业的社会服务职能,成为我国构建中国特色社会主义和谐社会不可或缺的组成部分。然而,郭美美事件、河南宋庆龄基金会非法放贷事件并没有为我国某些慈善公益组织敲响警钟,其仍然存在内部治理结构不合理、信息披露不完整、外部监督不完善以及社会公信力缺失等一系列影响组织内部控制运行有效性的问题。本文基于慈善公益组织发展现状和所处的社会、经济、政治文化环境,首先借鉴企业内部控制理论和组织治理机制,融合了系统论、委托代理理论以及绩效理论等影响慈善公益组织内部控制有效性的理论基础,并指出了影响我国慈善公益组织内部控制运行有效性的五个因素,主要包括公信力、组织文化、组织内部治理机制、组织控制活动和组织监督。然后以影响因素为出发点,结合我国慈善公益组织的运行模式、组织特点和发生的慈善事件,剖析我国慈善公益组织内部控制运行失效的问题根源。最后将我国慈善公益组织的发展环境与当下存在的问题结合起来,提出了符合我国社会发展的、有利于强化慈善公益组织内部控制运行有效性的合理化建议。即确定正确的组织战略、制定科学的组织内部治理结构、将信息化与控制活动相结合以及强化组织项目运作机制等,从组织运行的每个环节和程序加强我国慈善公益组织内部控制运行的有效性。