乡镇政府是国家在农村的基层政权组织,也是我国进行预算管理的最基层一级行政单位。农业作为我国国民经济建设和发展的基础产业,包括种植业、林业、畜牧业、渔业和副业等多个方面。涉农专项资金是乡镇政府专项资金中的重要组成部分,其覆盖面广泛,是涉及广大农民群体切身利益的公共服务资金。乡镇政府最重要的工作——脱贫攻坚已经进入了最后的收官阶段,工作重点会逐渐转向乡村振兴战略实施。脱贫攻坚和乡村振兴战略实施均为乡镇政府涉农专项资金的重要支出内容,加强对涉农专项资金的管理,对提升涉农专项资金使用效益,保障资金安全有着重要作用,这也对强化乡镇政府的资金管理,促进乡镇的社会经济有序健康发展有着重要现实意义,为下一步乡镇政府与区县政府之间进行财政事权与支出责任划分改革打好基础。本文主要以乡镇政府为研究对象,以涉农专项资金的管理和使用为内容,结合当前中央与地方政府、省以下各级地方政府之间财政事权与支出责任划分改革,以及涉农资金统筹整合的背景,分析了乡镇政府与当地居民、上级政府的双重委托代理关系,以及涉农专项资金在乡镇政府层级存在的风险。最后,本文以S镇为例进行分析,详细阐述了乡镇政府涉农专项资金的外部管理环境变化,并以项目实施顺序梳理了涉农专项资金使用过程中存在的风险点,提出了涉农专项资金的内控缺陷,为优化乡镇政府涉农专项资金的内部控制提出了可行性的对策建议。当前乡镇政府的工作重点从脱贫攻坚逐渐向乡村振兴战略转移,涉农专项资金对乡镇政府做好“三农”工作有着更加重要的作用。随着财政事权与支出责任划分向基层政府的纵向深入,以及向各行业领域的横向扩张,作为涉农专项资金的最基层使用者,乡镇政府亟需加强涉农专项资金的管理,完善优化涉农专项资金的内部控制,这是规范乡镇政府涉农专项资金的管理及使用行为、提升资金使用效益、促进各项事业发展的重要方式。