新世纪以来，我国不断强化对行政权力的监督制约，惩治和预防腐败体系基本框架初步建成。但是，一些新情况新问题不断产生，权力集中部门和岗位腐败案件依然多发，资金密集领域和行业商业贿赂、内幕交易等现象严重，监管薄弱领域违纪违法问题突出。因此，本文试从企业管理理论中的内部控制理论研究着眼，拓展到政府部门，旨在建立政府部门内部的权力约束、制衡反馈机制，并逐步完善、发挥其应有作用。　　本文分为五个部分。第一部分:绪论。阐述本研究的研究背景与意义、基本概念、文献综述、研究目标及内容、研究方法，并提出本研究的可能创新之处以及研究的不足之处。第二部分:部门权力内控建设理论分析。该部分阐述了部门权力的特征，分析了部门权力的配置和运行，以及部门权力内控的必要性和可行性。第三部分:部门权力内控机制建设的实践。该部分以扬州市为例，从离清权力流程、建设电子监察平台、完善制度体系三个方面加以总结，综合论述我市部门权力内控机制建设的措施，并分析了目前所实现的综合效果。第四部分:部门权力内控缺失案例及存在问题。通过分析已经发生的信息化建设领域、招投标领域权力内控缺失引发的腐败案例，指出当前内控机制建设存在的问题。第五部分:部门权力内控机制建设研究对策及结论。通过以上的理论研究，结合扬州市部门权力内控机制建设的具体实践，找出实践中操作优势、存在的问题，并提出改进建议。　　从根本上讲，部门权力内控机制建设，就是迫使权力行使主体必须在规定的、有限范围内开展权力行为。将部门内部的权力进行解构、流程再造并运用电子监察等信息手段进行制约，视角新颖，这方面的研究相对较少。　　本文综合运用了文献归纳法、调查研究法、比较研究法等研究方法，并对扬州市相关行政部门进行走访调研，综合运用管理学、运作管理，结合ISO9000质量管理体系、流程再造等理论成果，对部门权力内部控制机制、现状特征和相关对策进行分析和研究，力求探索一条符合我国实际，符合惩防腐败要求的部门权力内部控制机制。