本文共分五章： 导论说明选题的缘起和研究价值，并对该专题进行全面的学术史回顾，分析当前研究状况，指出不足，提出对策。介绍本文所用的史料，阐明写作方法。 第一章主要议述从商部设立到农工商部设立的机构发展历程，分析商部的制度与机构设置，为下文专论农工商部做准备。 第二章论述农工商部机构设置和职能的演变。通过考察机构组织结构、分科治事、艺师艺士官制在部内的发展探究新制度创新的实际操作问题。汇录农工商部直属各机构扩充办理的成绩。集中分析农工商部加强对地方影响力的努力，揭示农工商部政令在地方的实际办理情况。 第三章阐述农工商部的任用制度，通过分析属员的成分探察农工商部人事改革的力度。针对农工商部后期人员激增的现象做出解释和评价。 第四章陈明农工商部的收入和支出，厘清官员的薪俸。重点分析农工商部后期经费拮据的原因和反映的问题。 第五章分三个时期说明农工商部领导层的变化、历任尚书管部的特点及其对部务的影响。 第六章分农务、工务、商务、法律、学务、侨务、核销事务简要陈述农工商部的主要行政措施。 总结部分通过讨论农工商部改革面对的问题、可利用的资源、选择的策略，分析中央机构改革和清末新政的总趋势。