目的:通过高通量16s rDNA测序比较胆总管结石（CBDS）与胆管癌（CCA）患者胆汁中微生物群落的结构、成分及其核心生物群的特征,探讨微生物在胆总管结石与肿瘤发病机制中的作用,同时寻找更有效的鉴别手段及防治方法。方法:1.收集延安大学附属医院2019年12月-2020年12月诊断为胆总管结石或者胆管癌患者,符合纳入标准患者分为胆总管结石组（C组）、胆管癌组（D组）,胆总管结石组在标准内镜下逆行胰胆管造影术（ERCP）中通过无菌导管收集胆汁样品,然后立即放入标准保存液（Effc Gut）中进行保存;胆管癌患者通过经皮肝穿胆道引流术（PTCD）引流管中抽取胆汁,然后立即放入标准保存液（Effc Gut）中保存;2.通过16S rDNA扩增胆汁微生物的V4区,应用Illumina高通量平台测序并对所得微生物进行生物信息分析;3.分析胆道菌群的特征并比较胆总管结石与肿瘤患者胆道菌群中有差异的物种;4.使用SPSS22.0统计分析软件数据分析,计量资料若符合正态分布,则采用均数±标准差表示;组间比较采用t检验;计数资料采用χ2检验;计数资料若不符合正态分布,则用中位数（P25,P75）表示,采用两独立样本比较的秩和检验;P<0.05为差异有统计学意义。结果:本研究纳入研究对象共25例,胆管癌组6例,胆总管结石组有19例。对所有患者资料进行分析,结果示:1.患者一般资料无统计学意义（P>0.05）;实验室资料中TBIL、DBIL、IBIL、CA199、铁蛋白差异均有统计学意义（P<0.05）;2.胆道菌群具有丰富的微生物群落,且具有个体异质性,两组在门水平丰度较高的有:厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、梭杆菌门;3.胆总管结石与胆管癌患者微生物群落的丰富度、多样性以及均匀度均无统计学意义（P>0.05）;4.胆总管结石组与胆管癌组在菌群结构及物种组成方面均有显著差异,在门水平上胆总管结石的厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门丰度比胆管癌高,而胆管癌中变形菌门、蓝藻菌门丰度高;5.两组通过物种差异分析发现胆总管结石与胆管癌特征群落有差异,胆总管结石组特征菌群为:放线菌科、放线菌目、红蝽菌目、红蝽菌属、肠球菌科、链球菌科、乳杆菌目、杆菌纲;胆管癌组差异菌群为:鱼孢菌科、弗兰克氏菌目、伯克氏菌科、β变形杆菌目;6.两组在代谢途径上微生物群落功能基因的差异显著,胆管癌组功能基因丰度明显高于胆总管结石组。结论:1.胆道具有高度丰富的微生物菌落,且个体间具有异质性;2.胆道微生物群落与口腔、十二指肠相似;3.胆总管结石与胆管癌菌群的结构、组成、特征菌群、功能基因均有所不同,提示胆道菌群变化可能为不同胆道疾病的致病因素。