人体肠道可培养细菌的初步探索及一株肠道细菌新种的分类鉴定

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背景:人体肠道微生物与宿主的健康和疾病状态息息相关,近年来高通量测序和组学技术的发展将人们对肠道菌群的认知和理解引领到一个新的高度。但同时,分离获得更多的肠道细菌纯培养物的局限性和重要性也日益彰显。一方面,由于肠道菌群的高度多样性和复杂性以及传统培养方法的限制,目前得到的肠道细菌种类仅占肠道细菌总量的极少数,且多数细菌的功能是未知的;另一方面,获得更多的细菌纯培养物并确定其分类和功能,是人体微生物组研究的物质基础,对解析肠道菌群与宿主共生的机制具有重要意义。目的:1、分析不同培养条件下的菌群特征及肠道可培养细菌的初步探索;2、对分离得到的可疑新菌种用多相分类学方法进行鉴定,确定其系统发育学地位;3、对分类错误的[Clostridium]hiranonis进行重新分类,完善微生物分类学系统。方法及结果:本研究第一部分首先通过对不同培养条件下菌群数据的分析,说明不同培养条件对体外培养肠道菌群多样性及结构的影响;其次利用多重培养条件以及质谱和16S rRNA基因测序等多种鉴定手段,从人体粪便样本中分离培养出185种不同的肠道细菌。这些细菌分别来自厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门。其中厚壁菌门的细菌在种类和数量上占绝对优势,占细菌总数的56%;其次是变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,分别占总量的16%、14%和11%;而梭杆菌门数量最少,只分离到梭杆菌属的5种细菌,占分离到的细菌总量的3%。另外从培养因素分析,厌氧环境培养以及利用血培养瓶预培养有利于分离出其中的大部分细菌,分别占分离到的细菌总数的68.1%和50.8%。研究的第二部分主要是利用多相分类学对分离得到的可疑新菌ZHW000191T进行分类鉴定。其中与菌株ZHW000191T的16S rRNA基因序列相似度最高的菌株是C.hiranonis TO-931T,相似度为95.94%,低于种间判断靶值,认为菌株ZHW000191T可能为新菌种。因此选取了相似度最高的菌株C.hiranonis T0-931T和消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)的代表菌厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius DSM 2949T)作为参考菌株和待测菌一起进行多相分类学分析。根据遗传、表型和细胞化学等多个层次的分析结果,确定了菌株ZHW00191T一个新菌种,与C.hiranonis属于同一个属。由于C.hiranonis是一个分类错误的名称,我们提出在消化链球菌科中加入一个新属并命名为消化醋酸杆菌属(Peptacetobacter gen.nov.),菌株ZHW00191T作为该新属的模式菌种,命名为人消化醋酸杆菌(Peptacetobacter hominis gen.nov.,sp.nov.)。同时将目前分类错误的细菌C.hiranonis也重新分类到这个新属,重新命名为Peptacetobacter hiranonis。结论:本研究通过分析不同培养条件下的菌群特征及对肠道可培养细菌的初步探索,分离获得部分肠道细菌,为后续肠道细菌的分离培养奠定工作基础,也为人体微生物组研究提供了物质基础。另外,通过对新种ZHW00191T的多相分类学鉴定,确定其分类学地位,命名为Petpacetobacter ominis gen.nov.,sp.nov.;对分类错误的Clostridium hiranonis重新分类命名为Peptacetobacter hiranonis。
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