节节麦D基因组遗传图谱的构建

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普通小麦(Triticum aestivum L.,2n=6x=42, AABBDD)是一个非常重要的异源六倍体粮食作物。节节麦(Aegilops tauschii,2n=2x=14,DD)作为普通小麦D基因组的供体物种,蕴藏着许多对小麦遗传改良具有潜在利用价值的优异基因。遗传图谱的构建,对小麦遗传和育种均具有十分重要的作用。但是,节节麦的遗传图谱报道还比较少,不利于对节节麦的研究利用。因此,通过高通量分子标记的方法构建一张节节麦D基因组的高密度的连锁图谱十分必要。许多基因在载体物种的倍性水平发生变化后,表达作用发生改变。因此,在六倍体水平下发掘定位出节节麦农艺性状的QTL位点,对打破小麦“进化瓶颈”,推动小麦育种改良具有十分重要的意义。在前期工作中,采用两个节节麦AS66和AS87杂交,其杂种F1(AS66/AS87)和含未减数配子基因的四倍体小麦PI377655杂交。在未减数配子基因的作用下其杂种F1(PI377655//AS66/AS87)染色体自动加倍形成包含36个株系的六倍体加倍单倍体群体SynDH3。该群体固定了四倍体小麦的A/B组染色体,染色体重组只发生在D基因组。因此,本实验拟在通过SSR,以及高通量DArT和SNP分子标记技术,构建节节麦D基因组的高密度遗传图谱并在六倍体水平上发掘节节麦农艺性状的QTL,主要研究结果如下:(1)通过筛选,获得了1564个在亲本AS66和AS87间表现出多态性的标记,包括79个SSR,351个DArT,1122个SNP和1个蜡粉形态学标记。(2)采用QTL ICImapping软件,我们将1548(99%)个标记定位到了D基因组的7条染色体上,形成了一张全长1132.66cM,平均每条长161.81cM,平均0.73cM/标记的D基因组高密度遗传图谱。该图谱由11个连锁群组成,包括有76(96.2%)个SSR标记,351(97%)个DArT标记,1120(99.8%)个SNP标记和1个蜡粉标记。最长的染色体是7D的234.85cM,最短的是4D长94.73cM。1D和2D有着最高密度的分子标记,分别是0.57和0.58cM/标记。(3)以连续具有3个及以上偏分离标记作为一个偏分离位点为标准,218(19.5%)个SNP标记,37(10.5%)个DArT标记和12(15.8%)个SSR标记在7条染色体上形成9个偏分离位点。其中除1D和4D上的偏分离标记偏向于亲本AS87外,其余5个染色体组上的偏分离标记均偏向亲本AS66。(4)采用完备区间作图(Inclusive composite interval mapping, CICM)法,在1D染色体上定位到一个穗长QTL,命名为Qsl.scau-1D。Qsl.scau-1D的LOD值为3.8,位于标记SNP1D-2和SNP1D-3之间,解释41.5886%的穗长的表型变异。研究结果表明:采用该二倍化六倍体加倍单倍体群体方法能够获得高质量的遗传图谱。但是,在QTL分析中,我们发现检测出的QTL数远远低于预期,有待进一步实验来分析其原因。
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