核苷是细胞内核苷酸合成的重要前体,核苷转运体通过介导核苷的跨膜转运和吸收在许多生理过程中发挥重要作用。在核苷转运过程中,这些蛋白质在向外和向内的状态之间发生重大的构象转变,这导致了基质结合位点交替进入膜的两侧。在实际的应用组,阐明h CNT3的类电梯转运机制、h CNT3与其配体（如:底物、抑制剂等）间的相互作用机制、配体的吸收及释放过程、尿苷进行合理的药物设计等工作对设计开发具有良好抑制活性的特异性核苷类抑制剂具有重要意义。本工作第一章简述了胃癌的流行现状和治疗策略,系统分析了当前常见的药物类型和核苷类抗癌药物。另外,详细介绍了核苷转运蛋白的分类和分布、核苷转运蛋白的结构与功能以及当前亟待解决的科学问题。第二章主要为计算方法的一些简介,包括粗粒化模型和分子力学模型。在粗粒化模型中,我们详细介绍了高斯网络模型、各项网络模型和自适应各项网络模型;而分子力学模型中则主要介绍了分子对接、常规分子动力学、自适应拉伸分子动力学以及2种分析方法:平均力势和结合自由能的计算原理。第三章采用多种分子模拟方法,比较研究了人核苷转运体3（h CNT3）在三种状态下的运动模式,以及整体和局部的空腔构象变化;最后,提出了一种与实验数据一致的可能的类电梯转运机制。采用自适应各向异性网络模型（a ANM）对h CNT3进行了一系列的中间构象研究,揭示了h CNT3的变构过程。我们的工作为核苷的多级梯状转运机制提供了理论基础,有助于进一步理解核苷底物与h CNT3之间的动态识别,以及核苷抗癌药物的设计。第四章基于分子动力学模拟对比研究了核苷、甲基核苷与h CNT3的特异性识别,并基于自适应拉伸分子动力学模拟对核苷在在蛋白内的吸收释放过程进行了全面的研究。研究表明,在识别过程中,氢键是作为联合底物与蛋白的重要“桥梁”,且识别过程是真空条件下的经典结合能驱动力的;释放过程主要受到F321和Q142的阻碍。第五章主要基于尿苷设计了一系列抑制剂且通过SIE计算初步验证抑制剂活性。结果表明,尿苷类抑制剂含氮碱基部分活性的决定因素主要包含3个:C5位的电负性、原子半径;C4位取代官能团的稳定性以及N3位侧链与关键残基形成的氢键数量和取代基的稳定性。