急性髓系白血病患者FLT3与NPM1基因突变检测及其临床意义

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本研究采用PCR技术扩增Fms样酪氨酸激酶-3(fms-like tyrosine kinase 3,FLT3)基因外显子14-15和核仁磷酸蛋白1 (nucleophosmin family, member 1,NPM1)基因外显子11。通过琼脂糖凝胶电泳、变性聚丙烯酰氨凝胶电泳(Denaturing polyacrylamide gel electrophoresis, Denaturing PAGE)与毛细管电泳(Capillary electrophoresis, CE)3种方法对99例初诊急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者FLT3基因中小片段插入突变(length mutation, FLT3-LM)进行检测;并用变性PAGE和毛细管电泳两种方法对上述患者NPM1基因插入突变进行检测;同时我们还应用PCR-变性PAGE法对44例骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes, MDS)患者的FLT3-LM和NPM1插入突变进行检测。采用G显带方法分析了72例AML患者和39例MDS患者的染色体核型。本研究目的是确定FLT3-LM与NPM1突变在初诊AML患者中的发生率、在FAB各亚型患者中的分布、与AML患者染色体核型以及临床疗效之间的关系;通过对部分FLT3或NPM1基因插入突变阳性患者的PCR产物的直接测序,确定该两种基因突变的特点;建立一种检测FLT3-LM与NPM1插入突变灵敏可靠的方法。结果:1.在AML与MDS患者中均可检出大量染色体核型异常,AML患者中染色体核型异常率68.06%(49/72)高于MDS患者染色体核型异常率46.15%(18/39)(p<0.05)。2.AML患者FLT3-LM发生率为30.3%(30/99)。各种电泳技术检测的效率略有不同:琼脂糖凝胶电泳、变性]PAGE、毛细管电泳3种方法的检出率分别为20.2%(20/99),29.29%(29/99),30.3%(30/99)。对照组中MDS患者应用变性PAGE方法的检出率为4.55%(2/44),正常人中未检出。3.AML患者NPM1基因插入突变发生率为15.15%(15/99)。变性PAGE、毛细管电泳两种方法的检出率分别为11.11%(11/99)和15.15%(15/99),同时检测出2例内含子缺失突变。对照组中MDS患者与正常人应用变性PAGE方法均末检出突变。4.30例FLT3-LM+的AML患者中26例患者突变型与野生型等位基因比值(allelic ratios, AR)大于0.02,4例患者AR小于0.02。FLT3-LM+ M6型患者中,AR均小于0.05。30例FLT3-LM+患者中28例患者(93.33%)突变条带为1条,2例患者(6.67%)突变条带多于1条。插入突变序列长度3-144bp不等,不同亚型的插入片段有差别。5.13例FLT3-LM+患者直接测序结果显示,4例插入碱基序列为FLT3野生型片段的完全重复,2例为完全陌生的碱基插入,7例为部分碱基序列重复。所有重复或插入序列发生在p.E573位至p.P606位之间,多集中于p.F590-p.R595之间。6.10例NPM1基因插入突变阳性患者PCR产物直接测序结果显示,10例均为A型突变(c.860863dupTCTG)。突变导致NPM蛋白羧基末端读码框移,末尾7个氨基酸WQWRKSL被11个氨基酸CLAVEEVSLRK所代替。2例缺失突变直接测序结果显示,1例为IVS10-18-15delCTTT,另外1例IVS10-17-15delTTT.该2例患者为新发现的内含子缺失突变。12例患者中有4例存在3’UTR区缺失1个碱基T(*165delT,rs34351976)的多态性改变。7.49例核型异常AML患者中FLT3-LM发生率为24.49%(12/49),23例核型正常AML患者中FLT3-LM为43.48%(10/23)(p>0.05);49例核型异常AML患者中NPM1突变为4.08%(2/49),23例核型正常AML患者中NPM1突变为26.09%(6/23)(p<0.05)。8.99例AML患者中79例有治疗记录,6例早期死亡(生存期小于14天),可供疗效评价的患者为73例。FLT3-LM+患者中完全缓解(CR)率为36.36%(8/22),低于FLT3-LM患者CR率62.75%(32/51)(p<0.05)。早期死亡6例患者中FLT3-LM+占50%(3/6)。73例可评价疗效患者中,CR患者中FLT3-LM+占20%(8/40)、部分缓解(PR)患者中为38.1%(8/21)、未缓解(NR)患者中为50%(6/12)。49例非M3型患者中FLT3-LM+17例,FLT3-LM32例,达到CR的患者共17例,其中FLT3-LM患者CR率为43.75%(13/32),FLT3-LM+患者CR率17.65%(4/17)(p>0.05)。9.15例NPM1阳性患者中FLT3-LM发生率为40%(6/15),高于NPM1阴性患者FLT3-LM发生率28.57%(24/84),但无统计学差异(p>0.05)。10.FLT3-LM-/NPMl+患者的CR率为80%(4/5),FLT3-LM-/NPM1患者的CR率为60.87%(28/46),FLT3-LM+/NPM1患者的CR率为41.18%(7/17)FLT3-LM+/NPM1+患者CR率为20%(1/5)。非M3亚型AML患者的治疗结果为:FLT3-LM-/NPM1+患者CR率为80%(4/5),FLT3-LM-/NPM1患者CR率为37.04%(10/27),FLT3-LM+/NPM 1患者CR率为16.67%(2/12),FLT3-LM+/NPM1+患者CR率为20%(1/5)。11.在17例FLT3-LM+患者的63份标本中,复查时仍有11例患者为阳性(共20份标本)。出现的阳性条带均与初诊时阳性条带大小相同。结论:1.AML与MDS患者中存在大量染色体核型异常,对诊断预后具有重要意义。2.在FLT3-LM基因突变检测中,相对于琼脂糖凝胶电泳,变性PAGE和毛细管电泳具有较高的分辨率和灵敏度。3.FLT3-LM与NPM1突变为AML患者中常见基因改变。NPM1突变与FLT3-LM无相关性。4.FLT3插入基因序列突变长度范围变动较大,部分导致插入点的氨基酸发生取代,其他为整框插入;突变型/野生型AR范围波动较大。5.部分FLT3-LM+患者插入序列为陌生碱基,FLT3基因突变位置相对较集中,所有重复或插入发生在p.E573位至p.P606位之间,多集中于p.F590-p.R595之间。6.AML患者中正常核型患者FLT3-LM发生率与异常核型患者无统计学差异,正常核型患者NPM1基因突变发生率高于异常核型患者。7.NPM1插入突变均为A型突变,突变导致NPM蛋白羧基末端读码框移,末尾7个氨基酸WQWRKSL被11个氨基酸CLAVEEVSLRK所代替。首次在NPM1基因内含子区发现2例缺失突变,突变类型分别为IVS10-18-15delCTTT和IVS10-17-15delTTT。8.FLT3-LM对CR率有不利影响,NPM1突变单独发生的患者有较高的CR率,NPM1和FLT3-LM同时发生突变的患者CR率较低,预后不好。9.FLT3-LM或可作为AML患者微小残留病检测标记。
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