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鄱阳湖是中国第一大淡水湖,承纳赣江、抚河、信江、饶河、修河等江西省五大河流。四大家鱼(青鱼、草鱼、鲢、鳙)是长江中下游重要的水产资源,其种质资源保护和利用的效果如何,将直接影响着我国淡水渔业的持续发展。四大家鱼在鄱阳湖水系中有广泛分布。然而迄今未有学者对整个鄱阳湖水系中的四大家鱼种群进行过系统的生物多样性分析和研究。本论文以鄱阳湖水系四大家鱼为研究对象,通过ISSR分子标记技术,对鄱阳湖湖口地区四大家鱼遗传多样性状况进行分析,并对赣江、信江、抚河、修水及湖口六水域的草鱼、鲢、鳙遗传多样性进行比较分析。主要结果如下：(1)利用ISSR-PCR分子标记对长江-鄱阳湖湖口水域四大家鱼进行遗传多样性分析,选用随机引物对信江四大家鱼群体进行扩增。结果显示5个引物对青鱼扩增出38个位点,多态位点百分率为86.63%,平均有效等位基因数为1.479, Nei’s基因多样性指数为0.2831,Shannon指数为0.4210；6个引物对草鱼扩增出位点46个,多态位点百分率98.33%,平均有效等位基因数1.7308,Nei’s指数0.4016,Shannon指数0.5792；5个引物对鲢扩增出位点38个,多态位点百分率58.19%,平均有效等位基因数1.4166,Nei’s指数02350,Shannon指数0.3426；5个引物对鳙扩增出位点47个,多态性位点百分率63.83%,平均有效等位基因数1.4051,Nei’s指数0.2335,Shannon指数0.3467。四大家鱼的微卫星以二碱基重复序列为主。草鱼群体表现出不同寻常的高多态性。(2)利用ISSR标记对鄱阳湖水系六水域草鱼、鲢、鳙进行遗传多样性分析,选用随机引物对信江四大家鱼群体进行扩增。结果显示5个引物对草鱼扩增出44个不同分子量的ISSR标记位点,多态位点百分率为79.55%,平均有效等位基因数为1.5457,Nei’s基因多样性指数为0.3134,Shannon指数为0.4604；7个引物对鲢扩增出63个位点,多态位点百分率88.89%,平均有效等位基因数1.6613, Nei’s指数0.3691,Shannon指数0.5355；4个引物对鳙扩增出47个位点,多态位点百分率63.83%,平均有效等位基因数1.5479,Nei’s指数0.3058,Shannon指数0.4446。表明鄱阳湖水系中草鱼、鳙、鲢的遗传多样性较丰富,物种分化程度较大。分别计算了六水域草鱼和鳙,五水域鲢不同群体间的遗传相关性和遗传距离。并采用UPGMA软件进行聚类绘图。