随着生物技术的发展，基因的专利保护问题引起了人们的广泛关注，而传统专利法对于发明和发现的划分使得基因序列的可专利性问题成为人们争议最大的焦点问题。尽管世界上大多数国家法律都给予基因序列专利保护，但理论界关于这个问题的争论从来没有停止过。本文以此问题为起点，针对基因序列的专利保护问题展开论述。本文共分三个部分。第一部分从基因序列的概念和特征入手，系统介绍了国际社会范围内基因序列的专利保护状况以及我国对基因序列的专利保护现状；第二部分以基因序列在专利法中的发明和发现之争为切入点，通过对美国在基因序列专利立法上演变趋势的考察，揭示出这一变化的深层次原因，进而表明笔者在基因序列可专利性问题上所持的观点：对基因序列重新定位，淡化发明、发现之争，注重对其进行专利实质性审查。并且通过对基因序列专利“三性”审查的现实可行性以及对基因序列专利保护的法哲学基础、政策基础以及必要性方面的分析，从而对基因序列的可专利性予以肯定；第三部分笔者围绕对基因序列授予专利权后可能引发的问题及其法律应对展开论述，指出基因原材料提供者有权同基因研究者分享基因序列专利利益。进而提出基因原材料提供者分享基因序列专利利益的具体方式，以及从社会伦理道德视角审视基因序列可专利性问题，通过对人体基因研究者在研究中应当遵循的基本原则的分析，对基因序列专利的取得从专利法角度进行规制，最后针对予以基因序列专利权保护后所引发的南北国家利益失衡问题，提出包括我国在内的广大发展中国家面临发达国家的基因资源掠夺时应采取的对策，以期对利益进行重构。