纵观世界各国经济发展历程,广大中小企业一直都在提供就业、活跃市场、促进资源配置效率提高等方面发挥着不可替代的重要作用。随着我国进入经济新常态,经济增长速度放缓,中小企业的重要性将会更加突出。成立于2006年的“新三板”是我国多层次资本市场不可缺少的重要一环,而创新层企业更是新三板市场上的“三好生”,代表着新三板市场发展的水平和方向。因此研究新三板创新层企业融资效率,探讨影响其融资效率的因素,对于提升新三板市场整体发展水平大有裨益。本文采取实证分析作为主要的研究方法,在最新的新三板创新层企业中,选取了在2014年上半年挂牌的71家作为样本,收集整理了其2012年至2016年五年的主要财务数据,以总资产、资产负债率和主营业务成本作为投入指标,以主营业务收入增长率、净资产收益率和总资产周转率作为产出指标来构建DEA模型,测算样本企业在挂牌前、挂牌当年和挂牌后的融资效率。研究结果表明,新三板创新层企业融资效率偏低,且在新三板上挂牌对企业融资效率的改善程度不明显。这主要是新三板机制不够完善和挂牌企业自身缺陷导致的。根据理论分析和实证研究的结论,本文针对改善创新层挂牌企业融资效率这一问题,对监管部门、政府和企业自身提出了相应的建议。建议监管部门继续完善新三板各项制度,挂牌企业提高自身综合竞争力,政府着力建立健全全方位金融服务体系。