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烟草是我国重要的经济作物之一,以烟叶为主要经济器官,优质烟叶是卷烟生产的原料保证。赤星病是烟草的一种叶部病害,主要发生在成熟期。赤星病的发生除降低烟叶外观质量,影响烟叶化学成分含量,造成烟农的经济损失。目前,实际生产中已有多种措施来防治烟草赤星病,如化学农药防治、栽培措施防治、生物防治和培育抗病品种等,毫无疑问,培育抗病品种是防治烟草赤星病的根本途径。因此,研究烟草赤星病抗性遗传规律,发掘主效QTL,开发可用分子标记,能为分子辅助改良赤星病抗性奠定理论基础。本研究以净叶黄×NC82的F2、F2:3群体为连锁分析群体,利用SNP芯片技术鉴定基因型,在全基因组范围内发掘赤星病抗性QTL,分析不同QTL的遗传效应,确定在不同环境下稳定表达的主效QTL;以219份烤烟种质组成的自然群体为关联分析群体,研究主效QTL在不同种质中的分布,开发与赤星病抗性QTL紧密连锁的标记。研究结果如下:1.利用烟草SNP芯片技术,分析了以净叶黄与NC82为亲本的186份F2:3群体的基因型,总共检测到44.3万个SNP位点。其中在净叶黄与NC82之间可以检测到多态性的SNP位点36692个,约占全部SNP位点的8.27%。对SNP标记进行卡方检验,在P<0.01水平下,去除偏分离标记,共剩余7482个SNP标记;在P<0.05水平下,去除偏分离标记,剩余2462个标记,用于构建遗传图谱。2.根据SNP标记在F2:3群体间的基因分型信息,构建连锁群,最终共构建30条连锁群,其中1号、5号、8号、11号、12号和15号染色体各包括两个连锁群,其余18条染色体上各有一个连锁群。该遗传图谱覆盖烟草基因组的24条染色体,遗传距离共4493.17cM,共2312个SNP标记,平均每条连锁群上有77.1个SNP标记,平均每1.94cM就有一个SNP标记。3.结合病情数据,进行抗赤星病QTL分析,共检测到16个抗赤星病相关QTL,分布于12条连锁群上。连锁群chr24上172cM左右存在一个主效抗性QTL,该QTL在不同群体和不同环境下均被检测到,平均LOD值分别为7.37,可以解释的表型变异平均为15.07%;连锁群chr18上存在一个主效QTL,平均可以解释9.41%的表型变异;其余连锁群上的QTL对赤星病抗性起微效作用。4.为验证定位到的主效QTL,在chr24上172cM附近开发indel标记,利用关联分析的方法,进一步将主效QTL定位到indel50-indel62之间,区间对应物理距离5.34Mb,总共有49个候选基因,其中多个与抗病性相关基因。5.开发了与主效抗性QTL紧密连锁的分子标记indel53,在抗病育种中可用于分子标记辅助选择。